[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8pvm: formaldehyde-inhibited [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pa... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8pvm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | formaldehyde-inhibited [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant C299D | ||||||
Components | Iron hydrogenase 1 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / [FeFe]-hydrogenase / variant C299D / Clostridium pasteurianum / formaldehyde-inhibited form | ||||||
Function / homology | Function and homology information ferredoxin hydrogenase / ferredoxin hydrogenase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridium pasteurianum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.38 Å | ||||||
Authors | Duan, J. / Hofmann, E. / Happe, T. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2023 Title: Insights into the Molecular Mechanism of Formaldehyde Inhibition of [FeFe]-Hydrogenases. Authors: Duan, J. / Veliju, A. / Lampret, O. / Liu, L. / Yadav, S. / Apfel, U.P. / Armstrong, F.A. / Hemschemeier, A. / Hofmann, E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8pvm.cif.gz | 494.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8pvm.ent.gz | 399.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8pvm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/8pvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/8pvm | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 8qm3C C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 65123.355 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium pasteurianum (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P29166, ferredoxin hydrogenase |
---|
-Non-polymers , 9 types, 1190 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SF4 / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-MG / #9: Chemical | ChemComp-CL / #10: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.84 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.1M Mes (pH6.0), 0.4 M MgCl2, 20 % PEG4000, 20% glycerol PH range: 6.0-8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.976253 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 2, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976253 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.38→45.06 Å / Num. obs: 247118 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.39 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 9.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.38→45.06 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.13 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.38→45.06 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|