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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8pps | |||||||||
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Title | Dimeric RbdA EAL, in apo state | |||||||||
![]() | EAL domain-containing protein | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Cordery, C.R. / Maly, M. / Walsh, M.A. / Tews, I. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Phosphodiesterase activation in the biofilm dispersal protein RbdA and relationship to the biofilm formation protein PA2072 of similar architecture Authors: Cordery, C.R. / Maly, M. / Walsh, M.A. / Tews, I. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 283.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 176.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 546 - 797 / Label seq-ID: 18 - 269
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 30113.559 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 200 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #3: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() #4: Chemical | ![]() #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.8 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 294.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: 100mM Tris and BICINE pH 9 34% (w/v) ethylene glycol and PEG 8000 mix |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.3→46.04 Å / Num. obs: 31120 / % possible obs: 93.5 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 60.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 0.999 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 15.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Redundancy: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 1890 / CC1/2: 0.665 / Rrim(I) all: 0.918 / % possible all: 78 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.816 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→46.04 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |