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- PDB-8po7: Structure of Escherichia coli HrpA in complex with ADP and dinucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8po7
タイトルStructure of Escherichia coli HrpA in complex with ADP and dinucleotide dCdC
要素
  • ATP-dependent RNA helicase HrpA
  • DNA (5'-D(P*CP*C)-3')
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Helicase (ヘリカーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


RNAエディティング / 3'-5' RNA helicase activity / helicase activity / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RNA helicase HrpA / RNA helicase HrpA, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3418) / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation ...RNA helicase HrpA / RNA helicase HrpA, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3418) / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リン酸塩 / デオキシリボ核酸 / ATP-dependent RNA helicase HrpA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Xin, B.G. / Yuan, L.G. / Zhang, L.L. / Xie, S.M. / Liu, N.N. / Ai, X. / Li, H.H. / Rety, S. / Xi, X.G.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870788 中国
Other governmentZ101021903
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the N-terminal APHB domain of HrpA: mediating canonical and i-motif recognition.
著者: Xin, B.G. / Huang, L.Y. / Yuan, L.G. / Liu, N.N. / Li, H.H. / Ai, X. / Lei, D.S. / Hou, X.M. / Rety, S. / Xi, X.G.
履歴
登録2023年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase HrpA
B: ATP-dependent RNA helicase HrpA
C: DNA (5'-D(P*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,1598
ポリマ－173,1613
非ポリマー9985
水10,503583
1
B: ATP-dependent RNA helicase HrpA
ヘテロ分子

A: ATP-dependent RNA helicase HrpA
C: DNA (5'-D(P*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,1598
ポリマ－173,1613
非ポリマー9985
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.470, 106.124, 178.276
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase HrpA


分子量: 86313.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: hrpA, b1413, JW5905 / プラスミド: pET15b-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: P43329, ヘリカーゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*C)-3')


分子量: 533.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 588分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.03M NaNO3 0.03M Na2HPO4 0.03L (NH4)2SO4 0.1M MES-Imidazole 20% ethylene glycol 10% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.257→91.19 Å / Num. obs: 70047 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 28.45 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.228 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.257→2.295 Å / Rmerge(I) obs: 1.71 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 3566 / CC1/2: 0.807 / Rpim(I) all: 0.476 / Rrim(I) all: 1.776 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSBUILT 20180409データ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→89.14 Å / SU ML: 0.2341 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.0453
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 3466 4.95 %
Rwork0.1897 66575 -
obs0.1918 70041 96.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→89.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9383 39 61 583 10066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00859633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.186113033
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06281481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00731697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.18663756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.290.29421480.24142670X-RAY DIFFRACTION99.51
2.29-2.320.2371570.22552702X-RAY DIFFRACTION99.97
2.32-2.350.25791570.20992714X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.390.23371410.21082717X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.430.27551200.20842750X-RAY DIFFRACTION99.93
2.43-2.470.22961380.20572750X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.520.26421250.1992732X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.570.24341870.20372667X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.620.29761380.2122728X-RAY DIFFRACTION99.97
2.62-2.650.2457880.22741676X-RAY DIFFRACTION95.77
2.68-2.740.2871410.20262702X-RAY DIFFRACTION99.93
2.74-2.810.27071290.20032766X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.880.25861410.20042755X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.970.26511470.18962742X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.060.22431530.1942706X-RAY DIFFRACTION99.51
3.06-3.170.24981420.20082747X-RAY DIFFRACTION99.93
3.17-3.30.2871310.20782762X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.420.22411150.20122257X-RAY DIFFRACTION99.5
3.46-3.630.23841310.18282649X-RAY DIFFRACTION99.82
3.63-3.860.21831300.17782467X-RAY DIFFRACTION88.73
3.86-4.160.22771270.16732492X-RAY DIFFRACTION89.66
4.16-4.570.15421520.15212786X-RAY DIFFRACTION100
4.57-5.240.18021440.16052805X-RAY DIFFRACTION99.86
5.24-6.60.2311490.20332838X-RAY DIFFRACTION99.5
6.6-89.140.20711350.18052995X-RAY DIFFRACTION99.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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