PDB-8owv: H6 and F2 nanobodies bound to SARS-CoV-2 spike RBD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8owv

タイトル

H6 and F2 nanobodies bound to SARS-CoV-2 spike RBD

要素

F2
H6
Spike glycoproteinスパイクタンパク質

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

Nanobody (ナノボディ) /

Complex /

Receptor binding domain (受容体) /

SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2)

機能・相同性

機能・相同性情報

endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane /

エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Mikolajek, H. / Naismith, J.H. / Owens, R.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trimeric nanobodies potently neutralize Omicron variants of SARS-CoV-2
著者: Cornish, K.A.S. / Mikolajek, H. / Naismith, J.H. / Owens, R.J.

履歴

登録	2023年4月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8owv.cif.gz	188.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8owv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8owv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8owv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8owv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	17296C 8owtC 8oyuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

EEE: Spike glycoprotein

BBB: F2

FFF: H6

ヘテロ分子

53.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.775, 59.438, 145.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 2種, 2分子 BBBFFF

#2: 抗体	F2 分子量: 14962.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	H6 分子量: 14588.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 EEE

#1: タンパク質

Spike glycoprotein /

スパイクタンパク質

分子量: 23638.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A8A5XRG7

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 219分子

#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→59.52 Å / Num. obs: 53452 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / Num. unique obs: 2634 / CC_1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.73→59.438 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 7.878 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2234	2623	4.927 %
R_work	0.1972	50615	-
all	0.199	-	-
obs	-	53238	99.979 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.513 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.963 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.016 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.948 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→59.438 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3512	0	32	216	3760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	3669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.403	1.656	4999
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.263	1.581	7563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.303	5	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.388	21.487	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.143	15	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.145	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	940
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.128	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.007	1.379	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.006	1.378	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.582	2.06	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.581	2.06	2255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.715	1.594	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.716	1.596	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.525	2.307	2739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.524	2.31	2740
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.461	16.552	3977
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.461	16.569	3978

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.73-1.775	0.435	157	0.427	3700	0.428	3865	0.485	0.507	99.793	0.422
1.775-1.823	0.386	193	0.38	3606	0.381	3800	0.562	0.527	99.9737	0.377
1.823-1.876	0.321	182	0.313	3490	0.313	3672	0.755	0.752	100	0.303
1.876-1.934	0.279	173	0.266	3422	0.267	3595	0.801	0.829	100	0.253
1.934-1.997	0.253	170	0.239	3277	0.24	3447	0.893	0.877	100	0.217
1.997-2.067	0.253	173	0.214	3213	0.216	3386	0.905	0.909	100	0.19
2.067-2.145	0.233	139	0.205	3086	0.206	3225	0.913	0.917	100	0.18
2.145-2.233	0.214	171	0.19	2956	0.191	3127	0.931	0.938	100	0.163
2.233-2.332	0.222	123	0.192	2875	0.193	2998	0.936	0.935	100	0.163
2.332-2.446	0.24	151	0.199	2733	0.201	2884	0.925	0.937	100	0.165
2.446-2.578	0.26	126	0.196	2622	0.199	2748	0.91	0.936	100	0.163
2.578-2.734	0.212	153	0.188	2447	0.189	2600	0.938	0.948	100	0.157
2.734-2.922	0.2	141	0.19	2315	0.191	2456	0.949	0.952	100	0.16
2.922-3.155	0.24	120	0.193	2184	0.195	2304	0.935	0.946	100	0.169
3.155-3.456	0.284	90	0.193	2033	0.196	2123	0.921	0.946	100	0.174
3.456-3.862	0.212	107	0.188	1817	0.189	1924	0.95	0.957	100	0.171
3.862-4.456	0.187	92	0.15	1628	0.152	1720	0.968	0.974	100	0.141
4.456-5.45	0.159	78	0.145	1398	0.146	1476	0.973	0.977	100	0.14
5.45-7.675	0.233	43	0.189	1127	0.19	1170	0.959	0.967	100	0.176
7.675-59.438	0.128	39	0.186	667	0.183	706	0.984	0.971	100	0.182

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0941	3.1142	-2.0147	4.432	-0.8029	2.1494	-0.1107	-0.6775	-0.2847	0.1657	-0.0853	-0.4361	0.448	0.8179	0.196	0.2987	0.1456	0.0012	0.3531	0.0482	0.34	53.639	-3.759	-41.207
2	6.8336	1.1889	3.0734	11.0137	5.5001	4.6669	-0.2391	-0.2811	0.5896	0.0772	0.2893	-0.0873	-0.2331	0.2314	-0.0502	0.3661	-0.0644	0.0466	0.2388	-0.0728	0.4432	51.946	12.333	-39.035
3	6.2869	2.7501	-1.0865	3.7692	0.0327	2.0239	-0.1155	0.7466	0.4223	-0.2248	0.1179	0.2067	0.0068	-0.0355	-0.0025	0.2025	-0.014	0.0304	0.1281	0.0291	0.2593	45.248	2.164	-49.55
4	4.7854	-0.0506	-1.8542	1.02	0.4495	2.7933	-0.064	-0.1049	0.1011	-0.0319	0.0828	-0.3474	0.0967	0.5035	-0.0188	0.1977	0.0044	-0.004	0.1246	-0.0095	0.2646	50.415	2.102	-43.045
5	2.507	-0.5771	1.8452	2.4628	-2.3599	6.229	-0.0085	0.1175	-0.0469	0.0178	-0.0303	0.5123	0.1367	-0.6813	0.0388	0.2264	-0.0283	0.0498	0.2087	-0.066	0.312	15.302	0.616	-34.544
6	0.8691	0.0458	0.549	2.7535	0.7243	2.0508	-0.01	0.015	0.0115	0.1671	-0.0326	0.1194	0.0256	-0.1115	0.0426	0.2316	-0.0071	0.0197	0.0102	0.0102	0.1438	26.571	0.617	-32.2
7	1.3595	0.1296	-0.6354	1.5866	-0.0242	5.2373	-0.0394	-0.299	-0.1085	0.7688	-0.0255	0.2452	0.3937	-0.2642	0.0649	0.6662	-0.0403	0.1041	0.1097	0.0474	0.1959	23.531	-8.012	-9.143
8	0.6916	0.192	0.2054	3.6709	0.9278	1.4772	-0.0321	-0.0223	-0.0316	0.2076	0.0131	0.104	-0.024	-0.0519	0.019	0.1597	0.0134	0.033	0.0219	0.0124	0.1623	24.362	0.854	-30.798
9	3.155	1.2981	1.801	4.886	1.8021	2.1856	0.0939	-0.5757	-0.0071	0.2465	-0.0048	-0.1632	0.1268	-0.0363	-0.0891	0.708	0.0324	-0.0763	0.2943	0.0051	0.1745	47.149	-1.589	0.65
10	4.7365	3.9982	-1.5517	6.7137	3.6072	8.8247	0.1436	-0.379	0.4379	0.0897	-0.048	0.0497	0.0777	-0.1449	-0.0955	0.4383	0.0172	0.0021	0.649	-0.1987	0.4986	38.538	9.412	7.446
11	2.0056	0.7378	1.5413	0.6945	0.8653	2.4557	0.0266	-0.223	0.1711	0.4185	0.0206	-0.0934	0.0898	0.1522	-0.0472	0.7839	0.0468	-0.1101	0.1503	-0.02	0.2102	44.254	2.374	-4.122

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	{ BBB\|3-38 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	{ BBB\|39-48 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	{ BBB\|49-71 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	{ BBB\|72-127 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	{ EEE\|331-357 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	{ EEE\|358-452 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	{ EEE\|453-491 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	{ EEE\|491-528 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	{ FFF\|2-42 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	{ FFF\|43-47 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	{ FFF\|48-127 }

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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