PDB-8owm: Crystal structure of glutamate dehydrogenase 2 from Arabidopsis t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8owm

タイトル

Crystal structure of glutamate dehydrogenase 2 from Arabidopsis thaliana binding Ca, NAD and 2,2-dihydroxyglutarate

要素

Glutamate dehydrogenase 2

グルタミン酸デヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

glutamic acid (グルタミン酸) /

calcium (カルシウム) / NAD cofactor /

nitrogen metabolism (窒素循環) / 2 / 2-dihydroxyglutarate

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] /

glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / plant-type vacuole / amino acid metabolic process / cobalt ion binding / copper ion binding /

ミトコンドリア / zinc ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Plant Physiol Biochem / 年: 2023
タイトル: Structural and functional studies of Arabidopsis thaliana glutamate dehydrogenase isoform 2 demonstrate enzyme dynamics and identify its calcium binding site.
著者: Marta Grzechowiak / Joanna Sliwiak / Mariusz Jaskolski / Milosz Ruszkowski /

要旨: Glutamate dehydrogenase (GDH) is an enzyme at the crossroad of plant nitrogen and carbon metabolism. GDH catalyzes the conversion of 2-oxoglutarate into glutamate (2OG → Glu), utilizing ammonia as ...

履歴

登録	2023年4月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8owm.cif.gz	1001 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8owm.ent.gz	829.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8owm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8owm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8owm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	17240C 8ownC 6yeiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/II5MT4 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/II5MT4

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase 2

B: Glutamate dehydrogenase 2

C: Glutamate dehydrogenase 2

D: Glutamate dehydrogenase 2

E: Glutamate dehydrogenase 2

F: Glutamate dehydrogenase 2

ヘテロ分子

279 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.544, 95.629, 95.841
Angle α, β, γ (deg.)	90.416, 93.590, 117.775
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 2 / グルタミン酸デヒドロゲナーゼ / GDH 2 分子量: 45027.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GDH2, At5g07440, T2I1_150 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: Q38946, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]

#1: タンパク質

Glutamate dehydrogenase 2 /

グルタミン酸デヒドロゲナーゼ / GDH 2

分子量: 45027.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GDH2, At5g07440, T2I1_150 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: Q38946, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]

-
非ポリマー , 8種, 2156分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-U5C / 2,2-bis(oxidanyl)pentanedioic acid / 2,2-dihydroxyglutarate / 2,2-dihydroxypentanedioic acid 分子量: 164.113 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 2090 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.12MMonosaccharides (0.02M D-Glucose; 0.02M D-Mannose; 0.02M D-Galactose; 0.02M L-Fucose; 0.02M D-Xylose; 0.02M N-Acetyl-D-Glucosamine ),0.1M Imidazole/MES buffer pH 6.5, 20% v/v Glycerol and 10% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→65.7 Å / Num. obs: 318817 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.55 % / B_iso Wilson estimate: 23.46 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_rim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 10.76
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 2.92 % / R_merge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 50659 / CC_1/2: 0.624 / R_rim(I) all: 0.927 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.1_3865	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6yei

6yei

解像度: 1.7→65.7 Å / SU ML: 0.1703 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 18.7346
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1721	3188	1 %
R_work	0.1438	315548	-
obs	0.1441	318736	96.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→65.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18890	0	592	2090	21572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	20188
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9947	27343
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	3017
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	3551
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5096	7550

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.73	0.2856	135	0.2801	13268	X-RAY DIFFRACTION	94.06
1.73-1.75	0.3272	136	0.2679	13495	X-RAY DIFFRACTION	95.6
1.75-1.78	0.2511	137	0.2567	13570	X-RAY DIFFRACTION	95.78
1.78-1.81	0.3149	137	0.242	13563	X-RAY DIFFRACTION	95.9
1.81-1.85	0.2704	138	0.2239	13644	X-RAY DIFFRACTION	96.16
1.85-1.88	0.2368	137	0.2094	13624	X-RAY DIFFRACTION	96.22
1.88-1.92	0.1882	138	0.1895	13593	X-RAY DIFFRACTION	96.44
1.92-1.96	0.1882	138	0.172	13663	X-RAY DIFFRACTION	96.62
1.96-2.01	0.1915	138	0.1652	13688	X-RAY DIFFRACTION	96.72
2.01-2.06	0.2282	138	0.1516	13686	X-RAY DIFFRACTION	96.89
2.06-2.11	0.1844	140	0.1433	13791	X-RAY DIFFRACTION	96.99
2.11-2.18	0.1635	139	0.1345	13782	X-RAY DIFFRACTION	97.07
2.18-2.25	0.1857	138	0.1331	13668	X-RAY DIFFRACTION	97.27
2.25-2.33	0.1585	139	0.1285	13747	X-RAY DIFFRACTION	96.96
2.33-2.42	0.1645	139	0.1319	13725	X-RAY DIFFRACTION	97.23
2.42-2.53	0.148	139	0.1321	13804	X-RAY DIFFRACTION	97.31
2.53-2.66	0.1741	140	0.1281	13831	X-RAY DIFFRACTION	97.68
2.66-2.83	0.1603	140	0.1279	13882	X-RAY DIFFRACTION	98.11
2.83-3.05	0.1721	140	0.1326	13847	X-RAY DIFFRACTION	98.23
3.05-3.35	0.1812	140	0.136	13874	X-RAY DIFFRACTION	98.19
3.35-3.84	0.1432	141	0.1223	13960	X-RAY DIFFRACTION	98.37
3.84-4.84	0.1279	140	0.1109	13894	X-RAY DIFFRACTION	98.19
4.84-65.7	0.1682	141	0.16	13949	X-RAY DIFFRACTION	98.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.918407999068	-0.543067566609	-0.236690770314	1.13886852639	0.384903006559	0.576713930295	0.039670779676	0.0202040962834	-0.0911445507128	-0.03594878585	-0.0504333041525	0.0885903164055	0.0408641545889	-0.115611924088	0.0136899831987	0.19889503708	-0.00396249581458	-0.0110478108031	0.20497847499	0.00115516582765	0.162428258684	5.804	31.365	65.433
2	0.670110492942	-0.111759484681	-0.091442345941	0.673534151074	0.0849169361606	1.12371214299	-0.0458088516369	-0.128292354553	-0.085319816081	0.121723334131	0.0371799841489	0.0627262119931	0.157287427573	-0.0885089166059	0.0103185217668	0.202434552928	0.00378784691106	0.00326987254026	0.203400259809	0.00551819696122	0.16402447404	5.63	33.839	84.885
3	1.89997979921	0.184963296932	0.0651912093352	0.594685639257	0.0928324859556	0.799075762498	0.0297456057902	0.127710911633	0.0543818897822	-0.0266572801458	0.0268525731059	-0.0357833790585	-0.215121610714	0.0352344373553	-0.0531303294743	0.256894035181	0.00238866228815	0.0155574150438	0.157890880896	-0.0103571665214	0.157728691705	21.503	66.013	50.606
4	0.801093616941	-0.367389459981	-0.0922811448127	0.8030233477	0.256410408709	1.05945906109	0.0267169826171	-0.103859821739	0.199203692514	0.0319707365819	0.0311325177446	-0.0554636284498	-0.396975119903	0.0326795137336	-0.041987214495	0.341631545861	-0.0256654163291	0.00267575815594	0.16082688259	-0.0193341972904	0.178308233766	23.798	76.973	66.557
5	0.370048514438	-0.0171358764553	-0.0271753280226	0.984645901133	-0.547703875833	0.995646473706	-0.0291384392721	0.0682569062207	-0.0187177562998	-0.0406678158748	0.0624825538091	-0.0474290107682	0.079196361555	0.118053132358	-0.0236769892684	0.172843848689	0.00349818264883	-0.0189482661166	0.246209630685	-0.0298434666027	0.189112919374	45.769	33.424	56.686
6	0.985864828075	0.320401014371	0.0504947972263	0.663742928148	0.00121013971081	0.450054311392	0.0178277378146	-0.034201092946	-0.0183446537064	0.132327337099	0.027424717301	-0.164108335335	-0.00597859630741	0.14488111702	-0.0414416821845	0.220514166515	0.0345051591872	-0.0308058296216	0.25007388841	-0.0417134188935	0.208288466969	54.359	37.394	73.659
7	1.31485300108	0.618131212538	-1.20547102448	1.4025757104	-1.04112313053	2.27686365649	0.0108719822626	0.129307343883	-0.215975902066	-0.0803814550841	-0.115962709315	-0.321522468938	0.163580668631	0.381215216621	0.132883406405	0.217296621583	0.0460317124269	-0.018962083566	0.42487954797	-0.0191737223139	0.297936024452	48.796	25.428	36.326
8	0.918842031134	0.395824958147	-0.666726459188	0.910539010134	-0.779072354431	1.63172709108	0.0535871904245	0.0155758336284	-0.198190974299	0.0810122434808	-0.0877632688742	-0.0700660396875	0.102597663602	0.253038214263	0.0573353009182	0.234825179009	0.0292524023979	-0.0360502476893	0.225617298658	-0.0247577881202	0.239021561563	35.913	17.76	44.323
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25	3.57610941641	0.0694410867723	1.80174998707	0.712501368067	-0.0289026597413	2.29462103659	0.0618793829892	0.073188694463	-0.356833256694	-0.109594328996	0.0921277549037	0.118621834688	0.240192419818	-0.155554597131	-0.131113424887	0.338544159961	-0.0427176769346	-0.0101754574473	0.266863656921	-0.0183090008499	0.28290757393	3.628	12.526	39.412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 0:161 )	A	0 - 161
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 162:411 )	A	162 - 411
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 0:161 )	B	0 - 161
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 162:411 )	B	162 - 411
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID -1:161 )	C	-1 - 161
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN C AND RESID 162:411 )	C	162 - 411
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 0:42 )	D	0 - 42
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 43:76 )	D	43 - 76
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN D AND RESID 77:113 )	D	77 - 113
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN D AND RESID 114:227 )	D	114 - 227
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN D AND RESID 228:249 )	D	228 - 249
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 250:273 )	D	250 - 273
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 274:338 )	D	274 - 338
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 339:358 )	D	339 - 358
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 359:384 )	D	359 - 384
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 385:411 )	D	385 - 411
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN E AND RESID 0:161 )	E	0 - 161
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN E AND RESID 162:411 )	E	162 - 411
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN F AND RESID 0:76 )	F	0 - 76
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN F AND RESID 77:113 )	F	77 - 113
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN F AND RESID 114:227 )	F	114 - 227
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN F AND RESID 228:308 )	F	228 - 308
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN F AND RESID 309:358 )	F	309 - 358
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN F AND RESID 359:384 )	F	359 - 384
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN F AND RESID 385:411 )	F	385 - 411

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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集合体

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

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非ポリマー , 8種, 2156分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)