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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ovy | ||||||
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タイトル | Structure of analogue of superfolded GFP | ||||||
要素 | Green fluorescent protein緑色蛍光タンパク質 | ||||||
キーワード | TRANSLATION (翻訳 (生物学)) | ||||||
機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / 緑色蛍光タンパク質 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.537 Å | ||||||
データ登録者 | Dunkelmann, D. / Fiedler, M. / Bellini, D. / Alvira, C.P. / Chin, J.W. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Adding alpha , alpha-disubstituted and beta-linked monomers to the genetic code of an organism. 著者: Dunkelmann, D.L. / Piedrafita, C. / Dickson, A. / Liu, K.C. / Elliott, T.S. / Fiedler, M. / Bellini, D. / Zhou, A. / Cervettini, D. / Chin, J.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ovy.cif.gz | 113.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ovy.ent.gz | 81.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ovy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27983.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.38 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: PEG 3350/PEG 1K/MPD (1:1:1) 37.5%, Bicine/Trizma 0.1 M pH 8.5, Morpheus III Alkaloids 0.8% w/v, Morpheus Alcohols 0.12 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.84 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.84 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.537→88.071 Å / Num. obs: 59575 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 5.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.537→1.595 Å / Num. unique obs: 5803 / CC1/2: 0.34 / Rrim(I) all: 1.35 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.537→88.071 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.251 / WRfactor Rwork: 0.218 / SU B: 1.74 / SU ML: 0.062 / Average fsc free: 0.9124 / Average fsc work: 0.9236 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.863 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.537→88.071 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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