PDB-8ovu: Human titin immunoglobulin-like 21 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ovu

タイトル

Human titin immunoglobulin-like 21 domain

要素

Titin

チチン

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

Titin (チチン) /

Muscle (骨格筋) /

Immunoglobulin-like (抗体)

機能・相同性

機能・相同性情報

sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity /

telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis /

regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Martinez-Martin, I. / Crousilles, A. / Mortensen, S.A. / Alegre-Cebollada, J. / Wilmanns, M.

資金援助

スペイン, 3件

組織	認可番号	国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)	BIO2017-83640-P	スペイン
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)	PID2020-120426GB-I00	スペイン
La Caixa Foundation	LCF/BQ/DR20/11790009	スペイン

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Titin domains with reduced core hydrophobicity cause dilated cardiomyopathy.
著者: Martinez-Martin, I. / Crousilles, A. / Ochoa, J.P. / Velazquez-Carreras, D. / Mortensen, S.A. / Herrero-Galan, E. / Delgado, J. / Dominguez, F. / Garcia-Pavia, P. / de Sancho, D. / Wilmanns, ...

履歴

登録	2023年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ovu.cif.gz	153.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ovu.ent.gz	100.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ovu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8p35C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (12) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Titin

B: Titin

ヘテロ分子

21.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Titin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, The protein was purified as a monomer.
10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Titin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.370, 62.163, 189.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-201- HOH
2	1	B-269- HOH
3	1	B-286- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	SER	SER	(chain 'A' and (resid 1 through 48))	A	A	1 - 47	1 - 47
1	2	TYR	TYR	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 50 through 99))	A	A	50 - 98	50 - 98
2	1	GLY	GLY	SER	SER	(chain 'B' and (resid 1 through 48))	B	B	1 - 47	1 - 47
2	2	TYR	TYR	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 50 through 99))	B	B	50 - 98	50 - 98

#1: タンパク質	Titin / チチン / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14 分子量: 10768.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / プラスミド: pTEM14 / 詳細 (発現宿主): HisTag cleavable by 3C protease / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WZ42
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.06 M divalent ions (CaCl2, MgCl2), 0.1 M sodium HEPES, pH 7.5, 50% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether (PEGMME) 550, PEG 20K from Morpheus HT-96 screening plate (Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→31.39 Å / Num. obs: 15822 / % possible obs: 97.07 % / 冗長度: 11.3 % / B_iso Wilson estimate: 25.28 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.473 / Num. unique obs: 1041 / CC_1/2: 0.938 / R_pim(I) all: 0.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX	1.18.2	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→31.39 Å / SU ML: 0.1947 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.3369
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	778	4.94 %
R_work	0.1888	14960	-
obs	0.1912	15738	97.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→31.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1512	0	1	189	1702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0114	1544
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1925	2090
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0704	238
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0093	264
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.2289	204

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.02 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2707	93	-
R_work	0.1943	1380	-
obs	-	-	91.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0758309133418	-0.0515969517477	-0.112266527531	0.0499100953041	0.0636136791698	0.170706027686	-0.205618664151	0.0353781560442	0.424795145731	0.116064925342	-0.118188067027	0.151771474687	-0.263176765712	-0.0207114502833	-0.000473882232728	0.199012893713	0.0249539237453	-0.024765642006	0.23264018307	-0.0263557987725	0.194661979096	-11.1737353515	26.546802935	9.82691630914
2	0.31085253241	0.217976070058	-0.302646166231	0.199442583983	-0.146746114724	0.339720428568	-0.271633543494	-0.349163881919	0.0228302547115	0.148654443787	0.125838077403	-0.132003746776	-0.0956234042257	-0.0745137532618	-0.00728749399798	0.145466405533	0.0340300976255	-0.0193496333357	0.190235759117	0.0156914562423	0.219287606648	3.06358168348	20.0935316946	18.3623728571
3	0.179385587809	-0.0487292174501	0.253179132919	0.414420220839	0.193026914036	0.490236083096	-0.108780180181	0.264577015838	-0.313975363168	-0.00241483310217	0.073631314355	0.0455627927318	0.0535464411061	-0.0508232033697	0.000812582660966	0.177484575014	-0.00491051559898	0.00143150088558	0.205592048909	-0.0137330865232	0.242706309154	-3.99106237592	13.4348487446	9.1053253225
4	0.12178186162	0.0345269932793	-0.0225290856249	0.0578909658053	-0.0824805704855	0.125803546504	-0.14992004584	0.0901777228677	0.0749421603592	0.32019460361	0.039922541419	-0.154966139926	0.160714299203	-0.178314350071	0.000598565494225	0.16402794532	0.0134674569488	0.0226491858384	0.18155926738	-0.0111750760962	0.244290399501	-5.44151809555	14.0570453701	17.7591344608
5	0.0453369975028	0.178511424878	0.0218002925926	1.08396609757	0.230715489343	0.0749698418454	-0.283735174315	-0.513328331524	-0.219331547089	-0.340690890674	0.210551171196	-0.204877353115	0.296330439735	0.0863902238879	0.0107531929331	0.17992636145	0.0463289879703	0.0211968716414	0.284091806893	0.00897444998755	0.240791398615	11.2709827341	10.2253385195	17.1255660195
6	0.705221627761	0.232870666661	0.312883500657	0.116999321372	0.0294967767485	0.103302575778	-0.154685500382	0.00514273039015	0.0895906850336	0.0391286157641	0.0158516750359	-0.0226736032259	-0.130891079827	0.0307057221228	-0.0352476298177	0.113723495905	0.0158460918253	-0.00754916755388	0.237315691772	0.00780661515914	0.189395315066	3.35203759327	18.8824521669	10.0773128483
7	0.158010038145	-0.115554729941	0.152025319266	0.0955027180042	-0.0826177905234	0.223741479237	-0.0019848912297	-0.101752071149	-0.0555544242496	0.0392852674586	0.0255461206472	-0.0256367708356	0.0895959274918	0.0328495297362	0.410148250862	0.376924495411	0.265287416184	-0.197276595929	0.396623483008	-0.0683366767425	0.200450204039	13.1300070764	7.52628713668	43.1409298083
8	0.272792317896	0.0606696243292	-0.0284431220153	0.121084037955	0.217955460298	0.428029247593	-0.204762056289	0.177186484322	0.199209523774	0.0398590642033	0.102432487258	-0.140136065734	-0.0833608631906	0.116304589829	0.00356117115289	0.203466396704	0.0351928928275	-0.05231554435	0.166220293537	-0.0156660290098	0.213330414521	3.7968978301	18.3958979798	32.6631163805
9	0.667713706538	-0.882975976807	0.780973595386	2.98959043416	-0.701092201559	0.972187431985	0.171936404293	-0.135083524222	-0.240919916903	0.644442944101	0.077851849159	-0.360553200202	0.54461406434	0.249790512487	-0.664299799016	0.90666615056	0.215525831936	-0.296755447413	0.211034161405	-0.0172763125982	0.319065418665	11.8001642863	-0.934903960337	41.6197833566
10	1.91624678635	0.120917099983	-0.771144479375	2.19332429629	1.26964849317	1.10555421194	0.423383663613	0.213684144486	-0.125163134692	0.325214887664	-0.0188957320785	-0.14584300599	0.75619050875	0.188115204202	0.551086443903	0.3936529499	-0.0127936555581	-0.054654625352	0.176998038659	-0.0121784798565	0.172930914894	-0.579680412176	8.55333155876	39.764077314
11	0.267695137685	0.00166544754007	0.200471188941	-0.000598195901053	0.0114162622971	0.189160934569	0.230934414057	-0.00847863459415	-0.157986521629	0.345254027478	0.0475880399707	0.151358925266	0.491510814967	-0.053645943035	0.0210965775931	0.327665078447	-0.0552708060845	-0.0177651298894	0.209622619314	-0.0196910030113	0.199252699147	-8.09815160233	10.0774541148	36.2452955065
12	0.651071884858	-0.167659397019	0.0723509853228	0.217313481929	0.192390686485	0.264067395467	-0.334431189963	0.205355390508	-0.459520304531	0.480414693018	0.199584271601	0.17399855217	0.0391894879145	0.121669775481	-0.0447368478009	0.251801350918	0.0713015673176	-0.0373937442848	0.170782614646	0.0103766372137	0.220924925645	3.09969854481	8.2694130476	30.8156897607
13	0.65373420414	-0.0894565515835	-0.159052506854	0.194996348282	0.246505869342	0.280691151007	-0.0250477623785	0.138641736748	0.133857396138	0.196788149837	-0.0826168989047	0.0287493788581	0.289923359586	0.0968539680291	-0.0264252816683	0.305992346158	0.0599020975876	-0.032178067104	0.129406170415	-0.0177395839545	0.169531940106	-0.648036073594	15.3151801994	38.8029813455
14	0.981060637838	-0.498703037272	-0.381317562462	0.312033202455	-0.0205687019358	0.948366292086	-0.340844379759	-0.0722428437824	0.161734481242	-0.177495306484	-0.118008181374	0.372815543288	0.175839986297	-0.240199234978	-0.955732825703	0.360540851777	-0.124608545619	0.156103407838	0.0947083928503	-0.138432452094	0.406903980518	-13.6968277769	32.5614536553	27.2168880047

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 8 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 9 through 28 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 29 through 49 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 50 through 63 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 64 through 71 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 72 through 99 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 8 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 9 through 28 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 29 through 33 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 34 through 39 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 40 through 49 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 50 through 63 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 64 through 94 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 95 through 99 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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