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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ovj | ||||||
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タイトル | CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : PARENTAL STRAIN | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / CRYO-EM LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME WILD TYPE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ciliary transition zone / nuclear lumen / ciliary plasm / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...ciliary transition zone / nuclear lumen / ciliary plasm / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / small-subunit processome / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / protein tag activity / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / kinase activity / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / リン酸化 / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Rajan, K.S. / Yonath, A. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024 タイトル: Structural and mechanistic insights into the function of Leishmania ribosome lacking a single pseudouridine modification 著者: Rajan, K.S. / Aryal, S. / Hiregange, D.G. / Bashan, A. / Madmoni, H. / Olami, M. / Doniger, T. / Cohen-Chalamish, S. / Pescher, P. / Taoka, M. / Nobe, Y. / Fedorenko, A. / Bose, T. / ...著者: Rajan, K.S. / Aryal, S. / Hiregange, D.G. / Bashan, A. / Madmoni, H. / Olami, M. / Doniger, T. / Cohen-Chalamish, S. / Pescher, P. / Taoka, M. / Nobe, Y. / Fedorenko, A. / Bose, T. / Zimermann, E. / Prina, E. / Aharon-Hefetz, N. / Pilpel, Y. / Isobe, T. / Unger, R. / Spath, G.F. / Yonath, A. / Michaeli, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ovj.cif.gz | 5.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ovj.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8ovj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 10種, 10分子 1345678S1S42
#1: RNA鎖 | 分子量: 577046.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: GenBank: 321438308 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 69146.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: GenBank: 321438308 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 59160.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) |
#4: RNA鎖 | 分子量: 43479.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) |
#5: RNA鎖 | 分子量: 23336.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: GenBank: 321438308 |
#6: RNA鎖 | 分子量: 54989.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: GenBank: 1207899567 |
#7: RNA鎖 | 分子量: 39450.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: GenBank: 321399712 |
#26: RNA鎖 | 分子量: 710628.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) |
#27: RNA鎖 | 分子量: 6451.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) |
#85: RNA鎖 | 分子量: 492500.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) |
+Putative 60S ... , 23種, 23分子 AEFHIJLNOQSTUVWZacehilp
-Putative ribosomal protein ... , 7種, 7分子 BCSMSSXgk
#9: タンパク質 | 分子量: 47593.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q2Q6 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 41096.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: E9ADW5 |
#39: タンパク質 | 分子量: 13031.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q8G4 |
#45: タンパク質 | 分子量: 6696.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q817 |
#66: タンパク質 | 分子量: 14608.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q1W6 |
#75: タンパク質 | 分子量: 16492.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QHL3 |
#79: タンパク質 | 分子量: 9479.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q8X0 |
-60S ribosomal protein ... , 10種, 10分子 DGPRYbdfno
#11: タンパク質 | 分子量: 21694.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: P48157 |
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#14: タンパク質 | 分子量: 29824.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QIP1 |
#23: タンパク質 | 分子量: 22071.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QG98 |
#25: タンパク質 | 分子量: 20852.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q5J4 |
#67: タンパク質 | 分子量: 15469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q504 |
#70: タンパク質 | 分子量: 8001.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q178 |
#72: タンパク質 | 分子量: 11370.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: E9AEK1 |
#74: タンパク質 | 分子量: 15458.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QC11 |
#82: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4390.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) |
#83: タンパク質 | 分子量: 10337.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QC01 |
-Putative 40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 KSCSDSLSNSPSRSTSUSVSWSYScSdSJ
#18: タンパク質 | 分子量: 19948.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QBJ1 |
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#30: タンパク質 | 分子量: 24511.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q4A0 |
#31: タンパク質 | 分子量: 22188.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QIM3 |
#38: タンパク質 | 分子量: 16718.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q9A5 |
#40: タンパク質 | 分子量: 18681.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q1X7 |
#42: タンパク質 | 分子量: 15969.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QC89 |
#44: タンパク質 | 分子量: 17433.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q1Y3 |
#46: タンパク質 | 分子量: 17482.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q3M1 |
#47: タンパク質 | 分子量: 20023.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) |
#48: タンパク質 | 分子量: 16551.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q806 |
#49: タンパク質 | 分子量: 17472.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QBV0 |
#51: タンパク質 | 分子量: 17035.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QH01 |
#55: タンパク質 | 分子量: 9819.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q140 |
#57: タンパク質 | 分子量: 9763.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q931 |
#61: タンパク質 | 分子量: 14719.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QGW3 |
-Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 Mj
#20: タンパク質 | 分子量: 24497.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q6S3 |
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#78: タンパク質 | 分子量: 9862.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: E9AEH2 |
-40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 SASBSESFSGSHSISKSOSQSXSZSaSbSe
#28: タンパク質 | 分子量: 30062.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4FX73 |
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#29: タンパク質 | 分子量: 27536.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q0Q0 |
#32: タンパク質 | 分子量: 30742.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QG31 |
#33: タンパク質 | 分子量: 28791.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QDL5 |
#34: タンパク質 | 分子量: 28370.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q9NE83 |
#35: タンパク質 | 分子量: 21336.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q868B1 |
#36: タンパク質 | 分子量: 23765.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: E9AC32 |
#37: タンパク質 | 分子量: 24984.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: P25204 |
#41: タンパク質 | 分子量: 15623.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q8H1 |
#43: タンパク質 | 分子量: 15627.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QG97 |
#50: タンパク質 | 分子量: 18158.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: E9AEE8 |
#52: タンパク質 | 分子量: 15808.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q1D2 |
#54: タンパク質 | 分子量: 13071.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q9X4 |
#56: タンパク質 | 分子量: 12794.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q8L6 |
#58: タンパク質 | 分子量: 7394.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q7P0 |
-タンパク質 , 3種, 3分子 SgShm
#59: タンパク質 | 分子量: 34441.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q7Y7 |
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#60: タンパク質 | 分子量: 25229.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q5K7 |
#81: タンパク質 | 分子量: 14711.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: P69201 |
-非ポリマー , 5種, 416分子
#86: 化合物 | ChemComp-MG / #87: 化合物 | ChemComp-K / #88: 化合物 | ChemComp-NA / #89: 化合物 | ChemComp-ZN / #90: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 80S RIBOSOME FROM LEISHMANIA MAJOREukaryotic ribosome タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#85 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 0.83 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212912 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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