PDB-8otm: structure of InhA from mycobacterium tuberculosis in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8otm

タイトル

structure of InhA from mycobacterium tuberculosis in complex with N-((1-(3-hydroxy-4-phenoxybenzyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl)-2-oxo-2H-chromene-3-carboxamide

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / enoyl-ACP-reductase type II fatty acid synthase mycolic acids tuberculosis therapeutic target

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity /

NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall /

fatty acid binding / response to antibiotic /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Chebaiki, M. / Maveyraud, L. / Tamhaev, R. / Lherbet, C. / Mourey, L.

資金援助

フランス, 3件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of new diaryl ether inhibitors against Mycobacterium tuberculosis targeting the minor portal of InhA.
著者: Chebaiki, M. / Delfourne, E. / Tamhaev, R. / Danoun, S. / Rodriguez, F. / Hoffmann, P. / Grosjean, E. / Goncalves, F. / Azema-Despeyroux, J. / Pal, A. / Kordulakova, J. / Preuilh, N. / ...

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8otm.cif.gz	441.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8otm.ent.gz	361.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8otm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8otm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8otm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8otnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.588, 92.784, 90.751
Angle α, β, γ (deg.)	90, 119.2, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / ENR / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase 分子量: 28698.912 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)

#1: タンパク質

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / ENR / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase

分子量: 28698.912 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)

-
非ポリマー , 6種, 1105分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-VZI / 2-oxidanylidene-~{N}-[[1-[(3-oxidanyl-4-phenoxy-phenyl)methyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]chromene-3-carboxamide 分子量: 468.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₀N₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1088 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.8 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 14 % PEG 4000 100 mM ADA 100 mM acetate ammonium, pH 6.8, 5 % DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→79.072 Å / Num. obs: 157530 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.67 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC_1/2: 0.999 / CC_1/2 anomalous: -0.183 / R_merge(I) obs: 0.0723 / R_pim(I) all: 0.0332 / R_rim(I) all: 0.0798 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.703 / B_aniso tensor eigenvalue 1: 8.1193 Å² / B_aniso tensor eigenvalue 2: 0.4501 Å² / B_aniso tensor eigenvalue 3: 0 Å² / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho1: 0.9699 / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho2: 0 / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho3: -0.2435 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho1: 0 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho2: 1 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho3: 0 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho1: 0.2435 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho2: 0 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho3: 0.9699 / Aniso diffraction limit 1: 1.74 Å / Aniso diffraction limit 2: 1.561 Å / Aniso diffraction limit 3: 1.569 Å / Aniso diffraction limit axis 1 ortho1: 0.99764 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho3: -0.0682 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho2: 1 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho1: 0.0682 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho3: 0.99764 / Net I/σ(I): 13.45 / Num. measured all: 892498 / Observed signal threshold: 1.2 / Orthogonalization convention: pdb / % possible anomalous: 96.2 / % possible ellipsoidal: 96.8 / % possible ellipsoidal anomalous: 96.2 / % possible spherical: 91.3 / % possible spherical anomalous: 90.9 / Redundancy anomalous: 2.88 / Signal type: local

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	CC_1/2	CC_1/2 anomalous	R_pim(I) all	R_rim(I) all	AbsDiff over sigma anomalous	% possible anomalous	% possible ellipsoidal	% possible ellipsoidal anomalous	% possible spherical	% possible spherical anomalous	Redundancy anomalous	% possible all
4.499-79.072	5.62	0.0282	41.71	44235	44235	7876	7876	0.999	-0.273	0.0129	0.0311	0.667	99	99.5	99	99.5	99	2.92	99.5
3.566-4.499	5.53	0.0331	39.36	43574	43574	7876	7876	0.998	-0.269	0.0153	0.0366	0.715	98.9	99.6	98.9	99.6	98.9	2.83	99.6
3.111-3.566	5.76	0.0427	32.28	45336	45336	7877	7877	0.998	-0.239	0.0193	0.047	0.735	99.1	99.7	99.1	99.7	99.1	2.94	99.7
2.825-3.111	5.65	0.0573	25.06	44533	44533	7876	7876	0.996	-0.173	0.0264	0.0633	0.752	99	99.7	99	99.7	99	2.89	99.7
2.622-2.825	5.7	0.0705	20.58	44898	44898	7878	7878	0.995	-0.168	0.0326	0.0779	0.767	99.4	99.7	99.4	99.7	99.4	2.9	99.7
2.466-2.622	5.89	0.0898	16.84	46411	46411	7877	7877	0.993	-0.104	0.0407	0.0988	0.751	99.1	99.7	99.1	99.7	99.1	2.99	99.7
2.342-2.466	5.72	0.0984	15.18	45006	45006	7873	7873	0.992	-0.102	0.0453	0.1087	0.742	99	99.6	99	99.6	99	2.91	99.6
2.239-2.342	5.85	0.118	13.19	46117	46117	7878	7878	0.989	-0.086	0.0537	0.13	0.754	99.3	99.6	99.3	99.6	99.3	2.97	99.6
2.152-2.239	5.56	0.1329	11.29	43767	43767	7877	7877	0.986	-0.076	0.0623	0.1472	0.736	99.2	99.7	99.2	99.7	99.2	2.82	99.7
2.078-2.152	5.84	0.1689	9.41	46017	46017	7876	7876	0.981	-0.075	0.0769	0.186	0.705	99.1	99.7	99.1	99.7	99.1	2.96	99.7
2.012-2.078	5.92	0.201	8.16	46656	46656	7876	7876	0.973	-0.082	0.0908	0.2211	0.707	99	99.5	99	99.5	99	3	99.5
1.954-2.012	5.82	0.2338	7	45843	45843	7878	7878	0.965	-0.047	0.1066	0.2576	0.705	99	99.5	99	99.5	99	2.95	99.5
1.903-1.954	5.74	0.2802	5.87	45231	45231	7876	7876	0.951	-0.019	0.1284	0.309	0.688	99	99.5	99	99.5	99	2.92	99.5
1.856-1.903	5.8	0.3431	4.89	45661	45661	7876	7876	0.933	-0.05	0.1564	0.378	0.673	99	99.5	99	99.5	99	2.94	99.5
1.813-1.856	5.61	0.4006	4.09	44238	44238	7879	7879	0.907	0.002	0.1862	0.4431	0.657	98.6	99.1	98.6	99.1	98.6	2.85	99.1
1.774-1.813	5.82	0.491	3.5	45852	45852	7877	7877	0.878	-0.01	0.2233	0.5407	0.667	97.3	97.6	97.3	97.6	97.3	2.94	97.6
1.734-1.774	5.84	0.5317	3.19	45982	45982	7873	7873	0.868	-0.028	0.2412	0.5852	0.662	89.9	89.7	89.9	89.5	89.7	2.95	89.7
1.694-1.734	5.72	0.572	2.88	45092	45092	7877	7877	0.836	-0.013	0.2612	0.6303	0.653	87.2	87.6	87.2	80.2	80.1	2.9	87.6
1.652-1.694	5.21	0.5972	2.49	41058	41058	7878	7878	0.797	-0.019	0.2868	0.6646	0.663	87.6	88.4	87.6	68.9	68.6	2.64	88.4
1.6-1.652	4.7	0.647	2.05	36991	36991	7876	7876	0.716	-0.029	0.3295	0.7292	0.658	82.3	83.3	82.3	50.2	49.8	2.39	83.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4 (8-JUN-2022)	精密化
autoPROC	1.0.5 20220608	data processing
XDS	Jan 10, 2022	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
STARANISO	2.3.87	データスケーリング
BUSTER	2.10.4 (8-JUN-2022)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.6→79.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU R Cruickshank DPI: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.078 / SU R_free Blow DPI: 0.074 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.072

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1775	8312	-	RANDOM
R_work	0.1586	-	-	-
obs	0.1596	157530	91.3 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8482 Å²	0 Å²	-0.0748 Å²
2-	-	-0.2824 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5659 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→79.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7885	0	337	1088	9310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	8785	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.95	12006	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3003	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1702	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8785	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1163	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		36	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		9572	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.1
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	13.9

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.62 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2504	176	-
R_work	0.2171	-	-
obs	0.2191	3151	42.25 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3237	-0.0372	0.0328	0.5706	0.0286	0.4196	0.0122	0.0114	0.0633	0.0114	0.0184	-0.0172	0.0633	-0.0172	-0.0306	0.006	-0.0083	-0.0104	-0.0343	0.005	-0.0298	19.0025	1.2124	22.3138
2	0.4327	-0.0347	-0.0826	0.8689	-0.0064	0.4497	0.0116	-0.1083	0.0092	-0.1083	0.0041	0.0619	0.0092	0.0619	-0.0158	-0.0244	0.006	0.0257	-0.0158	-0.0212	-0.024	43.8766	19.0454	11.8926
3	0.3474	-0.0122	-0.0311	0.5897	-0.0033	0.3958	-0.0158	0.0001	-0.0538	0.0001	0.0215	0.0155	-0.0538	0.0155	-0.0057	0.0083	-0.0015	0.0081	-0.0321	-0.0008	-0.0413	25.6478	43.8068	21.4729
4	0.3789	-0.0487	0.1181	0.9183	-0.025	0.4695	0.0085	-0.1087	0.0042	-0.1087	0.0036	-0.0702	0.0042	-0.0702	-0.0122	-0.0368	0.0025	-0.0274	-0.0135	0.0188	-0.0107	0.9985	25.3307	11.0376

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	2 - 269
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	301 - 304
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	2 - 269
4	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	301 - 303
5	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	3 - 269
6	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	301 - 303
7	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	3 - 268
8	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	301 - 302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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