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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8or7 | ||||||
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タイトル | Structure of a far-red induced allophycocyanin from Chroococcidiopsis thermalis sp. PCC 7203 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, L.J. / Hoeppner, A. / Wang, Y.Q. / Zhao, K.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystallographic and biochemical analyses of a far-red allophycocyanin to address the mechanism of the super-red-shift. 著者: Zhou, L.J. / Hoppner, A. / Wang, Y.Q. / Hou, J.Y. / Scheer, H. / Zhao, K.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 140 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 BDAC
#1: タンパク質 | 分子量: 18553.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Chro_1033 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | ![]() 分子量: 18174.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Chro_1032 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 13分子 ![](data/chem/img/CYC.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CYC / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.51 % |
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結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 1.0 M lithium sulfate monohydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.57→77.52 Å / Num. obs: 32743 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.57→2.71 Å / 冗長度: 16.9 % / Rmerge(I) obs: 1.217 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4760 / CC1/2: 0.843 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 75.646 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.8→77.52 Å
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拘束条件 |
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