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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8on1 | ||||||
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タイトル | NI,FE-CODH -600mV state : 4 h Dioxygen Exposure | ||||||
要素 | Carbon monoxide dehydrogenase 2一酸化炭素デヒドロゲナーゼ (受容体) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CLUSTER C (パーソナリティ障害) / 4FE-4S (鉄硫黄タンパク質) / CYTOPLASM (細胞質) / IRON (鉄) / IRON-SULFUR (鉄硫黄タンパク質) / MEMBRANE (生体膜) / METAL-BINDING / NICKEL (ニッケル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / carbon-monoxide dehydrogenase (ferredoxin) activity / carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) activity / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å | ||||||
データ登録者 | Basak, Y. / Jeoung, J.-H. / Dobbek, H. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023 タイトル: Stepwise O 2 -Induced Rearrangement and Disassembly of the [NiFe 4 (OH)( mu 3 -S) 4 ] Active Site Cluster of CO Dehydrogenase. 著者: Basak, Y. / Jeoung, J.H. / Domnik, L. / Dobbek, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8on1.cif.gz | 371.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8on1.ent.gz | 306.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8on1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/8on1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/8on1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 X
#1: タンパク質 | 分子量: 67008.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア) 株: Z-2901 / DSM 6008 / 遺伝子: cooS2, cooSII, CHY_0085 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSSETTA DE3 参照: UniProt: Q9F8A8, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase |
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-非ポリマー , 5種, 601分子
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-FES / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-FE / #5: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, PEG 3350 10-18%, Ammonium sulphate 0.18M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.37→40.85 Å / Num. obs: 114390 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.73 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 0.123 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.42 Å / Num. unique obs: 10948 / CC1/2: 0.625 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.37→35.3 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.37→35.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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