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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8khm | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human methionine aminopeptidase 12 (MAP12) in the unbound form | ||||||||||||||||||
要素 | Methionine aminopeptidase 1D, mitochondrial | ||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Methionine aminopeptidase (メチオニルアミノペプチダーゼ) / Metal-activated proteases / Mitochondrial-targeted protein | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / メチオニルアミノペプチダーゼ / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / ミトコンドリア / タンパク質分解 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Lee, Y. / Lee, E. / Hahn, H. / Kim, H. / Heo, Y. / Jang, D.M. / Kim, H.J. / Kim, H.S. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 韓国, 5件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023 タイトル: Structural insights into N-terminal methionine cleavage by the human mitochondrial methionine aminopeptidase, MetAP1D. 著者: Lee, Y. / Kim, H. / Lee, E. / Hahn, H. / Heo, Y. / Jang, D.M. / Kwak, K. / Kim, H.J. / Kim, H.S. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8khm.cif.gz | 79 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8khm.ent.gz | 55.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8khm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/8khm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/8khm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8khnC 8khoC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34384.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP1D, MAP1D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q6UB28, メチオニルアミノペプチダーゼ | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PGE / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M HEPES pH 7.2, 0.1M Carboxylic acids, 17% (v/v) MPD, 17% (w/v) PEG 1000, 17% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97957 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97957 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.39→27.67 Å / Num. obs: 58324 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 12.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.39→27.67 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.39→27.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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