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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jzv | ||||||
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タイトル | RPA70N-ETAA1 fusion | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / RPA / 70N / ETAA1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to chromosome / DNA replication factor A complex / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / regulation of DNA damage checkpoint / single-stranded telomeric DNA binding / Removal of the Flap Intermediate / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand ...protein localization to chromosome / DNA replication factor A complex / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / regulation of DNA damage checkpoint / single-stranded telomeric DNA binding / Removal of the Flap Intermediate / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / G-rich strand telomeric DNA binding / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / replication fork processing / nuclear replication fork / site of DNA damage / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / telomere maintenance via telomerase / Activation of the pre-replicative complex / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSF1 activation / DNAミスマッチ修復 / Activation of ATR in response to replication stress / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / telomere maintenance / Translesion synthesis by REV1 / protein serine/threonine kinase activator activity / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic cell cycle / nucleotide-excision repair / Fanconi Anemia Pathway / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / double-strand break repair via homologous recombination / Translesion Synthesis by POLH / 塩基除去修復 / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / PML body / 遺伝的組換え / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / Processing of DNA double-strand break ends / DNA recombination / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA複製 / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA修復 / DNA damage response / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Fu, W.M. / Wu, Y.Y. / Zhou, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Structural characterization of human RPA70N association with DNA damage response proteins. 著者: Wu, Y. / Fu, W. / Zang, N. / Zhou, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jzv.cif.gz | 69.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jzv.ent.gz | 50.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jzv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jzv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7xutC 7xuvC 7xuwC 7xv0C 7xv1C 7xv4SC 8jzyC 8k00C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13187.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPA1, REPA1, RPA70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27694 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2843.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETAA1, ETAA16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NY74 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Ammonium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→39.5 Å / Num. obs: 42672 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.05676 / Net I/σ(I): 26.24 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.2213 / Num. unique obs: 2702 / CC1/2: 0.981 / Rpim(I) all: 0.07917 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7XV4 解像度: 1.5→39.5 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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