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Yorodumi- PDB-8jor: Structure of an acyltransferase involved in mannosylerythritol li... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jor | ||||||
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Title | Structure of an acyltransferase involved in mannosylerythritol lipid formation from Pseudozyma tsukubaensis in type A crystal | ||||||
Components | Acyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / acyltransferase | ||||||
Function / homology | Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / acyltransferase activity / Acyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudozyma tsukubaensis (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45 Å | ||||||
Authors | Nakamichi, Y. / Saika, A. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Morita, T. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Front Bioeng Biotechnol / Year: 2023 Title: Structural identification of catalytic His158 of PtMAC2p from Pseudozyma tsukubaensis , an acyltransferase involved in mannosylerythritol lipids formation. Authors: Nakamichi, Y. / Saika, A. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Morita, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8jor.cif.gz | 250 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8jor.ent.gz | 197.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8jor.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/8jor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/8jor | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8josC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 62716.453 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudozyma tsukubaensis (fungus) / Gene: PtMAC2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A2Z6ERP5 |
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#2: Chemical | ChemComp-1PE / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 21% PEG 3350, 300mM lithium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 20, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→44.73 Å / Num. obs: 103745 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 17.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 15.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45→35.08 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→35.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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