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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jfb | ||||||
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タイトル | V1/S quadruple mutant Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS) complexed with compound 4 (B21588), NADPH and dUMP | ||||||
要素 | Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DHFR (ジヒドロ葉酸レダクターゼ) / dihydrofolate reductase (ジヒドロ葉酸レダクターゼ) / Plasmodium falciparum / malaria (マラリア) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / メチル化 / nucleotide binding / ミトコンドリア / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Vanichtanankul, J. / Saeyang, T. / Vitsupakorn, D. / Saepua, S. / Thongpanchang, C. / Yuthavong, Y. / Kamchonwongpaisan, S. / Hoarau, M. | ||||||
資金援助 | タイ, 1件
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引用 | ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023 タイトル: Discovery of rigid biphenyl Plasmodium falciparum DHFR inhibitors using a fragment linking strategy. 著者: Hoarau, M. / Sermmai, P. / Varatthan, T. / Thiabma, R. / Jantra, T. / Rattanajak, R. / Vitsupakorn, D. / Vanichtanankul, J. / Saepua, S. / Yuthavong, Y. / Thongpanchang, C. / Kamchonwongpaisan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jfb.cif.gz | 295 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jfb.ent.gz | 189.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jfb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8jfcC 8jfdC 4dp3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71908.133 Da / 分子数: 2 / 変異: N51I, C59R, S108N, I164L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: DHFR-TS, V1/S / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N170 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: PEG3350, Sodium malonate, pH5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2022年3月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→16.32 Å / Num. obs: 41800 / % possible obs: 93.15 % / 冗長度: 2.82 % / Biso Wilson estimate: 34.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 8.38 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.3949 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 2143 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4DP3 解像度: 2.65→16.32 Å / SU ML: 0.3782 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.5555 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→16.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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