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- PDB-8je4: Crystal structure of LimF prenyltransferase (H239G/W273T mutant) ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8je4 | ||||||
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Title | Crystal structure of LimF prenyltransferase (H239G/W273T mutant) bound with the thiodiphosphate moiety of farnesyl S-thiolodiphosphate (FSPP) | ||||||
![]() | prenyltransferase, LimF![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | Peptide O-prenyltransferase, LynF/TruF/PatF family / Family of unknown function (DUF5838) / ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hamada, K. / Oguni, A. / Zhang, Y. / Satake, M. / Goto, Y. / Suga, H. / Ogata, K. / Sengoku, T. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Switching Prenyl Donor Specificities of Cyanobactin Prenyltransferases. Authors: Zhang, Y. / Hamada, K. / Satake, M. / Sengoku, T. / Goto, Y. / Suga, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 297.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 199.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 34559.473 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: H239G, W273T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.63 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 15, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.19→44.69 Å / Num. obs: 34791 / % possible obs: 99.95 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 30.94 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.67 |
Reflection shell | Resolution: 2.19→2.268 Å / Num. unique obs: 3428 / CC1/2: 0.594 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.19→44.69 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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