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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j9l | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human H-Ferritin variant 123F assembling in solution2 | ||||||
要素 | Ferritin heavy chainフェリチン | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / protein assembly (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / 免疫応答 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, X. / Zhao, G. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Adv Sci / 年: 2023 タイトル: Shape-Anisotropic Assembly of Protein Nanocages with Identical Building Blocks by Designed Intermolecular pi-pi Interactions. 著者: Chen, X. / Zhang, T. / Liu, H. / Zang, J. / Lv, C. / Du, M. / Zhao, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j9l.cif.gz | 412.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j9l.ent.gz | 340.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j9l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/8j9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/8j9l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8j9mC 8jaiC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21287.742 Da / 分子数: 12 / 変異: D123F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 / 詳細: 50 mM BICINE pH 9.5, 800 mM sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→29.26 Å / Num. obs: 144447 / % possible obs: 97.24 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.412 / Net I/σ(I): 4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.589 Å / Num. unique obs: 14354 / CC1/2: 0.702 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→29.26 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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