PDB-8j6v: Structure of yeast Arginyl-tRNA-protein transferase 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j6v

タイトル

Structure of yeast Arginyl-tRNA-protein transferase 1

要素

arginyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Arginyltransferase

機能・相同性

arginyltransferase / arginyl-tRNA--protein transferase activity / N-end aminoacyl transferase, N-terminal / N-end rule aminoacyl transferase, C-terminal / N-end rule aminoacyl transferase / Arginine-tRNA-protein transferase, N terminus / Arginine-tRNA-protein transferase, C terminus / Acyl-CoA N-acyltransferase /

arginyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Yashiro, Y. / Tomita, K.

資金援助

日本, 6件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	LS136	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18H03980	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	26113002	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19K16069	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	23H00368	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22K15055	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Arginyl-tRNA-protein transferase 1
著者: Yashiro, Y. / Tomita, T.

履歴

登録	2023年4月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j6v.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j6v.ent.gz	911.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j6v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: arginyltransferase

B: arginyltransferase

D: arginyltransferase

F: arginyltransferase

E: arginyltransferase

L: arginyltransferase

H: arginyltransferase

G: arginyltransferase

C: arginyltransferase

K: arginyltransferase

I: arginyltransferase

J: arginyltransferase

709 kDa, 12 ポリマー
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1

A: arginyltransferase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
59.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: arginyltransferase

登録者が定義した集合体
59.1 kDa, 1 ポリマー
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3

D: arginyltransferase

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59.1 kDa, 1 ポリマー
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4

F: arginyltransferase

登録者が定義した集合体
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5

E: arginyltransferase

登録者が定義した集合体
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6

L: arginyltransferase

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7

H: arginyltransferase

登録者が定義した集合体
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8

G: arginyltransferase

登録者が定義した集合体
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9

C: arginyltransferase

登録者が定義した集合体
59.1 kDa, 1 ポリマー
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10

K: arginyltransferase

登録者が定義した集合体
59.1 kDa, 1 ポリマー
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11

I: arginyltransferase

登録者が定義した集合体
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12

J: arginyltransferase

登録者が定義した集合体
59.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	235.660, 235.660, 171.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	arginyltransferase / 分子量: 59072.641 Da / 分子数: 12 / 変異: E339K, E340K, E341K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ATE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4C2T6

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 3 % isopropanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.4→48.57 Å / Num. obs: 128824 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.371 / R_rim(I) all: 0.386 / Net I/σ(I): 9.41

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
3.4-3.49	2.305	9478	0.521	2.397	1
3.49-3.58	1.647	9288	0.678	1.712	1
3.58-3.69	1.334	8962	0.781	1.389	1
3.69-3.8	1.104	8761	0.849	1.147	1
3.8-3.92	0.919	8405	0.891	0.954	1
3.92-4.06	0.722	8209	0.93	0.748	1
4.06-4.22	0.553	7933	0.957	0.573	1
4.22-4.39	0.424	7637	0.973	0.44	1
4.39-4.58	0.314	7315	0.984	0.326	1
4.58-4.81	0.297	6990	0.985	0.308	1
4.81-5.07	0.285	6681	0.985	0.296	1
5.07-5.37	0.285	6308	0.984	0.297	1
5.37-5.74	0.27	5921	0.986	0.281	1
5.74-6.2	0.236	5559	0.991	0.244	1
6.2-6.8	0.206	5060	0.992	0.214	1
6.8-7.6	0.157	4626	0.995	0.162	1
7.6-8.77	0.1	4074	0.998	0.104	1
8.77-10.75	0.062	3466	0.999	0.065	1
10.75-15.2	0.053	2687	0.999	0.055	1
15.2-48.57	0.066	1464	0.998	0.07	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.4→48.565 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2699	6439	5 %
R_work	0.2385	-	-
obs	0.2401	128770	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.565 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	45256	0	0	0	45256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	46345
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.696	62583
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.927	17395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	6692
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	7953

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4-3.4369	0.4397	213	0.3753	4057	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4369-3.4773	0.3833	211	0.3581	4022	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4773-3.5197	0.3658	215	0.321	4084	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5197-3.5642	0.3276	214	0.3022	4067	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5642-3.6111	0.3615	214	0.2968	4053	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6111-3.6606	0.3875	212	0.3096	4046	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6606-3.7128	0.3736	214	0.3226	4058	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7128-3.7682	0.3143	213	0.2792	4045	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7682-3.8271	0.2785	216	0.273	4107	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8271-3.8898	0.3201	212	0.3018	4038	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8898-3.9569	0.3351	212	0.2991	4026	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9569-4.0288	0.2761	214	0.2576	4054	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0288-4.1062	0.3098	215	0.2496	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1062-4.19	0.2592	213	0.2385	4030	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-4.2811	0.2737	216	0.2344	4119	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2811-4.3806	0.282	213	0.221	4046	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3806-4.4901	0.2348	215	0.2042	4085	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4901-4.6114	0.2178	215	0.2006	4087	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6114-4.7469	0.2395	215	0.2001	4082	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7469-4.9	0.2182	214	0.1994	4066	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9-5.075	0.2031	215	0.1963	4081	X-RAY DIFFRACTION	100
5.075-5.2779	0.2601	215	0.2181	4093	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2779-5.5178	0.2504	216	0.2253	4095	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5178-5.8083	0.2708	213	0.2254	4055	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8083-6.1715	0.2537	217	0.2234	4117	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1715-6.6469	0.2852	216	0.2364	4104	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6469-7.3138	0.2685	216	0.2236	4096	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3138-8.3675	0.2394	217	0.2108	4127	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3675-10.5245	0.1788	217	0.1705	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
10.5245-48.565	0.2496	221	0.236	4178	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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