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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j3w | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of aspirin-bound ABCC4 | |||||||||
要素 | ATP-binding cassette sub-family C member 4 | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC transport / ATP-binding cassette / multidrug resistance proteins (多剤耐性) / MRP / ATP-binding cassette subfamily C | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleotide transmembrane transporter activity / cAMP transport / guanine nucleotide transmembrane transporter activity / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+) activity / urate transport / ABC-type bile acid transporter activity / platelet dense granule membrane / leukotriene transport / glutathione transmembrane transporter activity / prostaglandin transport ...purine nucleotide transmembrane transporter activity / cAMP transport / guanine nucleotide transmembrane transporter activity / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+) activity / urate transport / ABC-type bile acid transporter activity / platelet dense granule membrane / leukotriene transport / glutathione transmembrane transporter activity / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / urate transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / platelet degranulation / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / external side of apical plasma membrane / xenobiotic transmembrane transport / export across plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / prostaglandin secretion / Paracetamol ADME / bile acid and bile salt transport / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ABC-type xenobiotic transporter activity / Azathioprine ADME / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / cilium assembly / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / xenobiotic metabolic process / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / Platelet degranulation / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / 核小体 / ゴルジ体 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, Y. / Wang, L. / Hou, W.T. / Zhou, C.Z. / Chen, Y. / Li, Q. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Cardiovasc Res / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure ofABCC4 著者: Chen, Y. / Wang, L. / Hou, W.T. / Zhou, C.Z. / Chen, Y. / Li, Q. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j3w.cif.gz | 221.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j3w.ent.gz | 178 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j3w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/8j3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/8j3w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 35967MC 8i4aC 8i4bC 8i4cC 8j3zC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 149693.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCC4, MOATB, MRP4 / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O15439, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う, ABC-type xenobiotic transporter, ABC-type glutathione-S-conjugate transporter |
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#2: 化合物 | ChemComp-AIN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Apo-form ABCC4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: LAB6 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 409705 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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