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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iyo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a protein acetyltransferase, HP0935, acetyl-CoA bound form | ||||||
要素 | N-acetyltransferase domain-containing protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GNAT domain / protein acetyltransferase / acetyl-coenzyme A | ||||||
機能・相同性 | acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / ACETYL COENZYME *A / N-acetyltransferase domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Dadireddy, V. / Mahanta, P. / Kumar, A. / Desirazu, R.N. / Ramakumar, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a protein acetyltransferase, HP0935, acetyl-CoA bound form 著者: Dadireddy, V. / Mahanta, P. / Kumar, A. / Desirazu, R.N. / Ramakumar, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iyo.cif.gz | 277.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iyo.ent.gz | 227.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iyo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iyo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18626.504 Da / 分子数: 4 / 変異: M1V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 遺伝子: HP_0935 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: O25589 #2: 化合物 | ChemComp-ACO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.93 % / 解説: Needles |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% (w/v) poly(acrylic acid, sodium salt) 5100, ethylene glycol (cryo, soaked) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.07227 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→44.08 Å / Num. obs: 36841 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 46.76 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 675020 / Scaling rejects: 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→44.08 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.14 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 123.77 Å2 / Biso mean: 58.7408 Å2 / Biso min: 33.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→44.08 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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