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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iya | ||||||
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タイトル | Complex of SETDB1-derived peptide bound to UBE2E1 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ISG15 transferase activity / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / histone H3K9 monomethyltransferase activity / ISG15-protein conjugation / positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex ...ISG15 transferase activity / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / histone H3K9 monomethyltransferase activity / ISG15-protein conjugation / positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Phosphorylation of the APC/C / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Du, Y.X. / Liu, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Complex of SETDB1-derived peptide bound to UBE2E1 著者: Wu, X.W. / Du, Y.X. / Liu, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19203.832 Da / 分子数: 3 / 変異: C67S, C122P, C153S, C159P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P51965, ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 686.689 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q15047, [histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase #3: 化合物 | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.0 M Lithium sulfate, 0.1 M MES pH6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.43→109.2 Å / Num. obs: 21079 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 48.58 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.57 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 14473 / CC1/2: 0.877 / Rpim(I) all: 0.311 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→41.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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