PDB-8iua: Crystal structure of GH66 endodextranase from Flavobacterium john...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iua

タイトル

Crystal structure of GH66 endodextranase from Flavobacterium johnsoniae in complex with isomaltose

要素

Candidate dextranase Glycoside hydrolase family 66

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / GH66 /

dextran (デキストラン) /

TIM-barrel (TIMバレル)

機能・相同性

Glycosyl hydrolase family 66 / Glycosyl hydrolase family 66 /

Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily /

hydrolase activity / Immunoglobulin-like fold /

グルコース / Candidate dextranase Glycoside hydrolase family 66

機能・相同性情報

生物種

Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nakamura, S. / Miyazaki, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Bacteroidota polysaccharide utilization system for branched dextran exopolysaccharides from lactic acid bacteria.
著者: Nakamura, S. / Kurata, R. / Tonozuka, T. / Funane, K. / Park, E.Y. / Miyazaki, T.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iua.cif.gz	550.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iua.ent.gz	345.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iua.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iua	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iu8C 8iu9C 8iubC 8iucC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Candidate dextranase Glycoside hydrolase family 66

ヘテロ分子

65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: PISA analysis predicted it as a monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.712, 47.996, 76.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.640, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-963- HOH

#1: タンパク質

Candidate dextranase Glycoside hydrolase family 66

分子量: 64578.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
遺伝子: Fjoh_4431 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FBI2

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス /

グルコース

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100mM Tris-HCl, pH 8.5-9.0, 200mM lithium sulfate, 20% PEG 4000 PH範囲: 8.5-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→46.9 Å / Num. obs: 50250 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.121 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 50250 / CC_1/2: 0.839 / R_pim(I) all: 0.57 / R_rim(I) all: 1.085

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→46.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 10.231 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2527	2536	5.047 %
R_work	0.2083	47713	-
all	0.21	-	-
obs	-	50249	99.679 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.622 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.337 Å²	0 Å²	0.696 Å²
2-	-	0.752 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.195 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4398	0	36	268	4702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	4545
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	1.644	6180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.51	1.574	9485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.8	5	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.314	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.477	10	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.051	10	225
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	892
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	4019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.012	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.086	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.065	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.707	0.404	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.707	0.404	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.975	0.72	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.975	0.72	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.915	0.518	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.917	0.52	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.369	0.908	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.369	0.91	3409
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.608	5.05	5286
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.62	4.574	5251

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.333	174	0.301	3514	X-RAY DIFFRACTION	98.7945
1.847-1.897	0.318	168	0.297	3390	X-RAY DIFFRACTION	99.9158
1.897-1.952	0.3	180	0.276	3290	X-RAY DIFFRACTION	99.0862
1.952-2.012	0.295	176	0.253	3234	X-RAY DIFFRACTION	99.2722
2.012-2.078	0.268	185	0.241	3091	X-RAY DIFFRACTION	99.8781
2.078-2.151	0.271	159	0.233	3032	X-RAY DIFFRACTION	99.6254
2.151-2.232	0.287	159	0.219	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.612
2.232-2.323	0.263	152	0.211	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.7631
2.323-2.426	0.263	141	0.212	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.7546
2.426-2.544	0.271	145	0.219	2589	X-RAY DIFFRACTION	99.8904
2.544-2.681	0.275	142	0.218	2466	X-RAY DIFFRACTION	99.9234
2.681-2.843	0.272	128	0.205	2332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.843-3.038	0.284	122	0.209	2191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.038-3.281	0.239	109	0.196	2046	X-RAY DIFFRACTION	99.8147
3.281-3.592	0.217	102	0.188	1892	X-RAY DIFFRACTION	100
3.592-4.013	0.219	83	0.173	1750	X-RAY DIFFRACTION	100
4.013-4.628	0.165	71	0.151	1515	X-RAY DIFFRACTION	99.937
4.628-5.655	0.214	57	0.163	1322	X-RAY DIFFRACTION	99.8552
5.655-7.94	0.215	47	0.181	1033	X-RAY DIFFRACTION	100
7.94-46.9	0.178	36	0.172	604	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5313	0.534	0.6545	1.0818	0.1446	0.7393	0.0092	-0.0529	-0.0638	0.0951	-0.0263	-0.0697	0.0594	0.0022	0.0171	0.7169	0.0251	0.0097	0.0122	0.0014	0.0104	-21.21	-32.022	-19.191
2	1.0132	0.0742	-0.3933	0.7236	-0.0106	0.8165	-0.0188	0.0344	0.0613	0.0978	-0.0243	0.0666	-0.0228	-0.0654	0.0431	0.7165	0.0082	-0.0075	0.0063	-0.0055	0.0157	-29.876	-18.175	-17.274

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	32 - 259
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	260 - 586

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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