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- PDB-8iq0: Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iq0
タイトルCrystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in oxidized state
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of protein kinase activity ...neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / superoxide metabolic process / heart contraction / スーパーオキシドディスムターゼ / positive regulation of catalytic activity / transmission of nerve impulse / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ovarian follicle development / glutathione metabolic process / reactive oxygen species metabolic process / 着床 / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / : / locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / 血圧 / ペルオキシソーム / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / copper ion binding / neuronal cell body / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / 硫化水素 / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Zhou, J.H. / Huang, W.X. / Cheng, R.X. / Zhang, P.J. / Zhu, Y.C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071446 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Hydrogen sulfide functions as a micro-modulator bound at the copper active site of Cu/Zn-SOD to regulate the catalytic activity of the enzyme.
著者: Wu, D.D. / Jin, S. / Cheng, R.X. / Cai, W.J. / Xue, W.L. / Zhang, Q.Q. / Yang, L.J. / Zhu, Q. / Li, M.Y. / Lin, G. / Wang, Y.Z. / Mu, X.P. / Wang, Y. / Zhang, I.Y. / Zhang, Q. / Chen, Y. / ...著者: Wu, D.D. / Jin, S. / Cheng, R.X. / Cai, W.J. / Xue, W.L. / Zhang, Q.Q. / Yang, L.J. / Zhu, Q. / Li, M.Y. / Lin, G. / Wang, Y.Z. / Mu, X.P. / Wang, Y. / Zhang, I.Y. / Zhang, Q. / Chen, Y. / Cai, S.Y. / Tan, B. / Li, Y. / Chen, Y.Q. / Zhang, P.J. / Sun, C. / Yin, Y. / Wang, M.J. / Zhu, Y.Z. / Tao, B.B. / Zhou, J.H. / Huang, W.X. / Zhu, Y.C.
履歴
登録2023年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
K: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
L: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
M: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
N: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
O: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
P: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,84657
ポリマ－249,17316
非ポリマー2,67341
水29,5991643
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4056
ポリマ－31,1472
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4677
ポリマ－31,1472
非ポリマー3205
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5938
ポリマ－31,1472
非ポリマー4466
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4056
ポリマ－31,1472
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5017
ポリマ－31,1472
非ポリマー3545
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
L: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5368
ポリマ－31,1472
非ポリマー3896
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
N: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5018
ポリマ－31,1472
非ポリマー3546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
O: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
P: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4407
ポリマ－31,1472
非ポリマー2935
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.348, 91.474, 91.164
Angle α, β, γ (deg.)85.000, 78.060, 66.760
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 8 or (resid 9...
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d_9ens_1(chain "I" and (resid 1 through 8 or (resid 9...
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d_11ens_1(chain "K" and (resid 1 through 8 or (resid 9...
d_12ens_1(chain "L" and (resid 1 through 8 or (resid 9...
d_13ens_1(chain "M" and (resid 1 through 8 or (resid 9...
d_14ens_1(chain "N" and (resid 1 through 8 or (resid 9...
d_15ens_1(chain "O" and (resid 1 through 14 or (resid 15...
d_16ens_1(chain "P" and (resid 1 through 8 or (resid 9...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ALAALALEULEUAA1 - 1241 - 124
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d_21ALAALALEULEUBB1 - 1241 - 124
d_22ASNASNALAALABB137 - 143137 - 143
d_23GLYGLYLYSLYSBB145 - 151145 - 151
d_31ALAALALEULEUCC1 - 1241 - 124
d_32ASNASNALAALACC137 - 143137 - 143
d_33GLYGLYLYSLYSCC145 - 151145 - 151
d_41ALAALAALAALADD1 - 1431 - 143
d_42GLYGLYLYSLYSDD145 - 151145 - 151
d_51ALAALALEULEUEE1 - 1241 - 124
d_52ASNASNALAALAEE137 - 143137 - 143
d_53GLYGLYLYSLYSEE145 - 151145 - 151
d_61ALAALALEULEUFF1 - 1241 - 124
d_62ASNASNALAALAFF137 - 143137 - 143
d_63GLYGLYLYSLYSFF145 - 151145 - 151
d_71ALAALALEULEUGG1 - 1241 - 124
d_72ASNASNALAALAGG137 - 143137 - 143
d_73GLYGLYLYSLYSGG145 - 151145 - 151
d_81ALAALALEULEUHH1 - 1241 - 124
d_82ASNASNALAALAHH137 - 143137 - 143
d_83GLYGLYLYSLYSHH145 - 151145 - 151
d_91ALAALALEULEUII1 - 1241 - 124
d_92ASNASNALAALAII137 - 143137 - 143
d_93GLYGLYLYSLYSII145 - 151145 - 151
d_101ALAALALEULEUJJ1 - 1241 - 124
d_102ASNASNALAALAJJ137 - 143137 - 143
d_103GLYGLYLYSLYSJJ145 - 151145 - 151
d_111ALAALALEULEUKK1 - 1241 - 124
d_112ASNASNALAALAKK137 - 143137 - 143
d_113GLYGLYLYSLYSKK145 - 151145 - 151
d_121ALAALALEULEULL1 - 1241 - 124
d_122ASNASNALAALALL137 - 143137 - 143
d_123GLYGLYLYSLYSLL145 - 151145 - 151
d_131ALAALALEULEUMM1 - 1241 - 124
d_132ASNASNALAALAMM137 - 143137 - 143
d_133GLYGLYLYSLYSMM145 - 151145 - 151
d_141ALAALALEULEUNN1 - 1241 - 124
d_142ASNASNALAALANN137 - 143137 - 143
d_143GLYGLYLYSLYSNN145 - 151145 - 151
d_151ALAALALEULEUOO1 - 1241 - 124
d_152ASNASNALAALAOO137 - 143137 - 143
d_153GLYGLYLYSLYSOO145 - 151145 - 151
d_161ALAALALEULEUPP1 - 1241 - 124
d_162ASNASNALAALAPP137 - 143137 - 143
d_163GLYGLYLYSLYSPP145 - 151145 - 151

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.050764861273, -0.776189827759, -0.628452289473), (-0.764627158319, -0.374598639179, 0.524424606866), (-0.642470417701, 0.507154030654, -0.574479374365)-10.5672991835, -20.4616818067, 9.53805590775
2given(0.997421306042, 0.0584922911039, 0.0415859367386), (-0.0597396444975, 0.997780594756, 0.0294118956284), (-0.0397732715315, -0.0318203804277, 0.998701932641)19.7683895121, 43.4292088482, 0.00527072394143
3given(-0.107557695365, -0.769997065083, -0.628916418875), (-0.77334790211, -0.332743010796, 0.539643503684), (-0.624791456784, 0.544414004715, -0.559686543523)8.40140149586, 23.0375647887, 10.6657129118
4given(-0.395027910599, 0.816550469175, 0.420949261953), (0.63942707988, 0.57339248564, -0.512205102403), (-0.659610460321, 0.0668310459476, -0.748630517634)105.68764634, -10.27380403, -14.8189472096
5given(-0.868535913757, 0.260734445203, 0.42150078956), (-0.179904202877, -0.958288276466, 0.222076691652), (0.461822308146, 0.11705181875, 0.87921500637)98.062435461, -32.0144183654, -16.007987388
6given(-0.387499761251, 0.830931736055, 0.39924476834), (0.638285374265, 0.554313393243, -0.534161439146), (-0.665158414236, 0.0478446662451, -0.745167881677)87.2885391694, -52.5951121813, -15.0345863782
7given(-0.868680554578, 0.244554717237, 0.430798194489), (-0.157661805882, -0.960912754684, 0.227572917658), (0.469613510308, 0.129767747005, 0.873283162997)79.2741673918, -74.0077792514, -15.6930779354
8given(0.00925830384583, -0.99978948813, -0.0183101948357), (-0.963545819654, -0.0138159434563, 0.267186401475), (-0.267383128182, 0.0151690188027, -0.963470894024)-1.80918771961, 35.3788606464, -62.8015948709
9given(0.812507817164, 0.294308994211, -0.503203003742), (-0.0661096578936, 0.904151133183, 0.422066631585), (0.579189571886, -0.309665859099, 0.75408653053)16.0108729432, 47.6034831698, -68.9576439928
10given(0.0239377329627, -0.99803357271, -0.0579307576779), (-0.966891956196, -0.0378393097775, 0.252365076187), (-0.254060878499, 0.0499717358123, -0.96589642076)-20.0921165642, -7.50043132056, -62.201129026
11given(0.825696268545, 0.278565948637, -0.490537138626), (-0.046086088076, 0.899973384173, 0.433501995689), (0.562229263376, -0.335334042472, 0.755942679945)-2.16901385954, 5.12083516079, -69.5751133036
12given(-0.612006915308, -0.183065690843, 0.769372788999), (-0.146866721774, -0.929609063335, -0.338019460093), (0.777095683716, -0.319865506428, 0.54204091741)54.082139812, -82.5322071186, -84.16842323
13given(-0.304928530362, 0.942143378534, -0.139228034737), (0.941232119642, 0.275825452249, -0.194942085878), (-0.14526075976, -0.190489302001, -0.970882658974)71.2901380639, -65.52876032, -79.984604142
14given(-0.602628879267, -0.164741294883, 0.780832081586), (-0.173076717308, -0.928189104904, -0.329407704015), (0.779026882591, -0.333654448942, 0.530840677513)72.4916414824, -40.1042105949, -84.7545345695
15given(-0.319238232399, 0.935936451132, -0.148694016076), (0.936778072324, 0.287933749644, -0.198849186646), (-0.143296176462, -0.202773556605, -0.968684205793)89.3262659039, -23.411388297, -80.3749068824

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要素

-
タンパク質 , 1種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量: 15573.337 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: P00442, スーパーオキシドディスムターゼ

-
非ポリマー , 8種, 1684分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素 / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97849 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97849 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 163377 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 18.99 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 8475 / CC1/2: 0.8883 / Rsym value: 0.509

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→30.68 Å / SU ML: 0.2281 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.3745
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 7837 5.05 %
Rwork0.2009 147369 -
obs0.2031 155206 88.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→30.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17155 0 64 1643 18862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007217484
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.904623669
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06212712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.98026156
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.459462028183
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.30054697365
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.465707077879
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.39858838432
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.500539859895
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.421649261492
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.468608162536
ens_1d_9AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.485590557346
ens_1d_10AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.406663416145
ens_1d_11AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.476961249319
ens_1d_12AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.383872880867
ens_1d_13AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.470130162322
ens_1d_14AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.306365855646
ens_1d_15AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.451177475128
ens_1d_16AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.275671941781
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.90.35261450.26782945X-RAY DIFFRACTION52.2
1.9-1.920.33621750.2523385X-RAY DIFFRACTION61.07
1.92-1.950.3242540.25433973X-RAY DIFFRACTION72.28
1.95-1.970.27242480.24564368X-RAY DIFFRACTION79.24
1.97-20.29812310.24714802X-RAY DIFFRACTION86.33
2-2.030.25942670.23795046X-RAY DIFFRACTION90.27
2.03-2.050.28752970.2425066X-RAY DIFFRACTION91.96
2.05-2.090.27373090.23815084X-RAY DIFFRACTION92.41
2.09-2.120.29462510.23665117X-RAY DIFFRACTION91.18
2.12-2.150.30362360.23824943X-RAY DIFFRACTION89.34
2.15-2.190.29652250.23744678X-RAY DIFFRACTION82.82
2.19-2.230.30352780.2255079X-RAY DIFFRACTION92.38
2.23-2.270.25662770.22475356X-RAY DIFFRACTION95.88
2.27-2.320.28073000.21665307X-RAY DIFFRACTION95.75
2.32-2.370.27582960.20615265X-RAY DIFFRACTION95.55
2.37-2.420.24532370.21255319X-RAY DIFFRACTION94.51
2.42-2.480.2682690.21555259X-RAY DIFFRACTION94.77
2.48-2.550.27432880.21745223X-RAY DIFFRACTION94.32
2.55-2.630.26472690.21865169X-RAY DIFFRACTION92.39
2.63-2.710.27693060.21854996X-RAY DIFFRACTION91.27
2.71-2.810.24882440.21484681X-RAY DIFFRACTION83.87
2.81-2.920.27872660.21715026X-RAY DIFFRACTION90.96
2.92-3.050.23753330.20715329X-RAY DIFFRACTION96.37
3.05-3.210.24292470.20155337X-RAY DIFFRACTION95.55
3.21-3.420.22092660.19665307X-RAY DIFFRACTION95.51
3.42-3.680.22222660.18265179X-RAY DIFFRACTION93.09
3.68-4.050.19142740.16374856X-RAY DIFFRACTION87.65
4.05-4.630.18092470.14495080X-RAY DIFFRACTION90.86
4.63-5.830.19813000.1535306X-RAY DIFFRACTION95.76
5.83-30.680.18592360.16544888X-RAY DIFFRACTION87.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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