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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ilg | |||||||||||||||
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Title | The crystal structure of dG-DNA:Pol X product binary complex | |||||||||||||||
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![]() | REPLICATION/DNA / ![]() | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (others) | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Qin, T. / Gan, J.H. / Huang, Z. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Insight into Polymerase Mechanism via a Chiral Center Generated with a Single Selenium Atom. Authors: Qin, T. / Hu, B. / Zhao, Q. / Wang, Y. / Wang, S. / Luo, D. / Lyu, J. / Chen, Y. / Gan, J. / Huang, Z. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 213.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 165.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ildC ![]() 8ileC ![]() 8ilfC ![]() 8ilhC ![]() 8iliC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20536.668 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: Ba71V-97, O174L / Production host: ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 2427.605 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | #4: Chemical | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.06 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Potassium Formate (0.2 M), 16% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 7, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→30 Å / Num. obs: 84882 / % possible obs: 91.6 % / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Χ2: 0.111 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 209940 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.805→28.861 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 87.1167 Å / Origin y: 30.2348 Å / Origin z: 115.6841 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |