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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iku | ||||||
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タイトル | Aldo-keto reductase KmAKR - W297H | ||||||
要素 | NADPH-dependent alpha-keto amide reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / apo-form / NADPH-dependent / beta-8/alpha-8-barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, NAD(P) as acceptor / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Kluyveromyces marxianus (酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, S.Y. / Zhou, L. / Xu, Y. / Wang, Y.J. / Zheng, Y.G. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Aldo-keto reductase KmAKR - W297H from Kluyveromyces marxianus 著者: Xu, S.Y. / Zhou, L. / Xu, Y. / Wang, Y.J. / Zheng, Y.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iku.cif.gz | 74.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iku.ent.gz | 54 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iku.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/8iku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/8iku | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35381.137 Da / 分子数: 1 / 変異: W297H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces marxianus (酵母) / 遺伝子: KLMA_60481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W0TDP7 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Sodium acetate trihydrate,TRIS hydrochloride,PEG 4000,glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→64.49 Å / Num. obs: 16912 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.17 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 867 / CC1/2: 0.897 / Rpim(I) all: 0.145 / Rrim(I) all: 0.373 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AlphaFold 解像度: 2.13→64.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 9.192 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.104 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.13→64.49 Å
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拘束条件 |
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