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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ik0 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Stimulator of interferon genes | ||||||
要素 | Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / adaptor protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 STING mediated induction of host immune responses / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / オートファゴソーム ...STING mediated induction of host immune responses / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / オートファゴソーム / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of interferon-beta production / Neutrophil degranulation / protein complex oligomerization / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / ゴルジ体 / 自然免疫系 / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Lu, D.F. / Shang, G.J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: The mechanism of STING autoinhibition and activation. 著者: Sheng Liu / Bo Yang / Yingxiang Hou / Kaige Cui / Xiaozhu Yang / Xiaoxiong Li / Lianwan Chen / Shichao Liu / Zhichao Zhang / Yuanyuan Jia / Yufeng Xie / Ying Xue / Xiaomei Li / Bingxue Yan / ...著者: Sheng Liu / Bo Yang / Yingxiang Hou / Kaige Cui / Xiaozhu Yang / Xiaoxiong Li / Lianwan Chen / Shichao Liu / Zhichao Zhang / Yuanyuan Jia / Yufeng Xie / Ying Xue / Xiaomei Li / Bingxue Yan / Changxin Wu / Wen Deng / Jianxun Qi / Defen Lu / George F Gao / Peiyi Wang / Guijun Shang / 要旨: 2',3'-cGAMP, produced by the DNA sensor cGAS, activates stimulator of interferon genes (STING) and triggers immune response during infection. Tremendous effort has been placed on unraveling the ...2',3'-cGAMP, produced by the DNA sensor cGAS, activates stimulator of interferon genes (STING) and triggers immune response during infection. Tremendous effort has been placed on unraveling the mechanism of STING activation. However, little is known about STING inhibition. Here, we found that apo-STING exhibits a bilayer with head-to-head as well as side-by-side packing, mediated by its ligand-binding domain (LBD). This type of assembly holds two endoplasmic reticulum (ER) membranes together not only to prevent STING ER exit but also to eliminate the recruitment of TBK1, representing the autoinhibited state of STING. Additionally, we obtained the filament structure of the STING/2',3'-cGAMP complex, which adopts a bent monolayer assembly mediated by LBD and transmembrane domain (TMD). The active, curved STING polymer could deform ER membrane to support its ER exit and anterograde transportation. Our data together provide a panoramic vision regarding STING autoinhibition and activation, which adds substantially to current understanding of the cGAS-STING pathway. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ik0.cif.gz | 446.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ik0.ent.gz | 360.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ik0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/8ik0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/8ik0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 35503MC 8ik3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55282.332 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 遺伝子: STING1, STING, TMEM173, tsi3, PA3485 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E1C7U0, UniProt: Q9HYC4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: fiber of adaptor protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20mM HEPES, 150mM NaCl, 1mM TCEP, 0.03% DDM/CHS(5:1) |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1057869 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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