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Yorodumi- PDB-8ih6: Crystal structure of decarboxylase-hydratase complex from Pseudom... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ih6 | ||||||
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Title | Crystal structure of decarboxylase-hydratase complex from Pseudomonas species AP-3 | ||||||
Components |
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Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / meta-cleavage pathway for 2-aminophenol catabolism. decarboxylase-hydratase complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2-oxo-3-hexenedioate decarboxylase / 4-oxalocrotonate decarboxylase activity / 2-oxopent-4-enoate hydratase / 2-oxopent-4-enoate hydratase activity / : Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.519 Å | ||||||
Authors | Shi, Q.L. / Su, D. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of decarboxylase-hydratase complex from Pseudomonas species AP-3 Authors: Shi, Q.L. / Su, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ih6.cif.gz | 964.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ih6.ent.gz | 804.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ih6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/8ih6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/8ih6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28081.004 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas sp. (bacteria) / Gene: amnF / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9KWS4, 2-oxopent-4-enoate hydratase #2: Protein | Mass: 27368.311 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas sp. (bacteria) / Gene: amnE / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9KWS3, 2-oxo-3-hexenedioate decarboxylase #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: potassium sodium tartrate tetrahydrate,BIS-TRIS,polyethylene glycol 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 29, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.519→30.352 Å / Num. obs: 99493 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 13 |
Reflection shell | Resolution: 2.52→2.58 Å / Num. unique obs: 7294 / CC1/2: 0.815 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.519→30.352 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.21 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.519→30.352 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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