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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ifn | ||||||
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タイトル | MERS-CoV spike trimer in complex with nanobody VHH-T148 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / MERS-CoV (MERSコロナウイルス) / nanobody (ナノボディ) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERSコロナウイルス) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Tian, L. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structures and neutralizing mechanisms of camel nanobodies targeting the receptor-binding domain of MERS-CoV spike glycoprotein 著者: Tian, L. / Wang, R. / Zhang, L. / Wang, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ifn.cif.gz | 678.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ifn.ent.gz | 551.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ifn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/8ifn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/8ifn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 35422MC 8idoC 8ieeC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 148400.031 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERSコロナウイルス) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R9UQ53 #2: 抗体 | 分子量: 14802.287 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 多糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MERS-CoV spike trimer in complex with nanobody VHH-T148 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERSコロナウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 216306 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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