PDB-8i81: Crystal structure of horse spleen L-ferritin A115G mutant at -180...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i81

タイトル

Crystal structure of horse spleen L-ferritin A115G mutant at -180deg Celsius.

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Ferritin cage / A115G mutant / X-ray structure

機能・相同性

機能・相同性情報

: / intracellular sequestering of iron ion /

ferric iron binding /

ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Maity, B. / Tian, J. / Abe, S. / Ueno, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2023
タイトル: Atomic-level insights into a unique semi-clathrate hydrate formed in a confined environment of porous protein crystal.
著者: Maity, B. / Tian, J. / Furuta, T. / Abe, S. / Ueno, T.

履歴

登録	2023年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i81.cif.gz	62.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i81.ent.gz	43.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i81.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i81	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8i6lC 8i77C 8i8qC 8i8uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (10) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Size exclusion chromatography
509 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.653, 181.653, 181.653
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- CD
2	1	A-202- CD
3	1	A-207- CD
4	1	A-531- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ferritin light chain / / Ferritin L subunit 分子量: 19858.402 Da / 分子数: 1 / 変異: A115G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / プラスミド: PMK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 5種, 268分子

#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.88 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Ammonium sulfate (0.5-1.0M), Cadmium sulfate(12-20mM) Temp details: Non-shaking incubation

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30.705 Å / Num. obs: 41546 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 26.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 2034 / CC_1/2: 0.905 / R_rim(I) all: 0.511

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrysalisPro	v42	データ収集
CrysalisPro	v42	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定
REFMAC	5.8.0403	精密化
Coot	0.9.8.6 EL	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→30.705 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 0.89 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1684	2087	5.026 %
R_work	0.1517	39441	-
all	0.153	-	-
obs	-	41528	99.928 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.705 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1392	0	39	253	1684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.706	1.649	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.601	1.579	3342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.497	5	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.565	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.358	10	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.069	10	81
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	722
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	782
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.136	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.334	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.139	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.549	1.021	717
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.549	1.021	717
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.54	1.817	900
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.541	1.824	901
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.702	1.308	798
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.7	1.311	799
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.218	2.248	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.216	2.25	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.086	13.956	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.09	13.931	1861

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.214	138	0.189	2847	0.19	2990	0.969	0.976	99.8328	0.166
1.539-1.581	0.186	156	0.183	2793	0.183	2949	0.977	0.978	100	0.16
1.581-1.627	0.188	153	0.17	2691	0.171	2844	0.978	0.981	100	0.144
1.627-1.677	0.176	126	0.161	2642	0.162	2768	0.979	0.984	100	0.135
1.677-1.731	0.204	137	0.163	2557	0.165	2695	0.974	0.983	99.9629	0.137
1.731-1.792	0.181	145	0.152	2459	0.153	2604	0.982	0.985	100	0.123
1.792-1.859	0.165	126	0.155	2401	0.155	2528	0.983	0.985	99.9604	0.126
1.859-1.935	0.179	134	0.148	2289	0.15	2423	0.981	0.986	100	0.124
1.935-2.021	0.139	112	0.146	2247	0.145	2359	0.987	0.987	100	0.121
2.021-2.119	0.156	104	0.135	2123	0.136	2227	0.986	0.989	100	0.113
2.119-2.233	0.15	104	0.127	2032	0.128	2137	0.985	0.99	99.9532	0.109
2.233-2.368	0.139	121	0.123	1919	0.124	2041	0.988	0.991	99.951	0.107
2.368-2.53	0.175	88	0.128	1829	0.13	1918	0.983	0.99	99.9479	0.111
2.53-2.731	0.14	85	0.131	1716	0.131	1801	0.987	0.989	100	0.114
2.731-2.989	0.157	93	0.142	1563	0.143	1656	0.986	0.987	100	0.125
2.989-3.338	0.18	75	0.156	1442	0.157	1518	0.98	0.985	99.9341	0.144
3.338-3.847	0.143	68	0.15	1292	0.15	1360	0.986	0.987	100	0.145
3.847-4.694	0.171	53	0.15	1119	0.151	1173	0.981	0.986	99.9147	0.15
4.694-6.561	0.235	40	0.199	910	0.201	950	0.955	0.98	100	0.196
6.561-30.705	0.189	29	0.212	570	0.211	605	0.983	0.969	99.0083	0.212

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