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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i5t | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of TxGH116 D593N acid/base mutant from Thermoanaerobacterium xylanolyticum with cellobiose | ||||||||||||
要素 | beta-glucosidase | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルコシルセラミダーゼ / glucosylceramide catabolic process / glucosylceramidase activity / carbohydrate metabolic process / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Thermoanaerobacterium xylanolyticum LX-11 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pengthaisong, S. / Ketudat Cairns, J.R. | ||||||||||||
資金援助 | タイ, 3件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023 タイトル: Reaction Mechanism of Glycoside Hydrolase Family 116 Utilizes Perpendicular Protonation. 著者: Pengthaisong, S. / Piniello, B. / Davies, G.J. / Rovira, C. / Ketudat Cairns, J.R. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i5t.cif.gz | 188.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i5t.ent.gz | 143.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i5t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/8i5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/8i5t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 91793.195 Da / 分子数: 1 / 変異: D593A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoanaerobacterium xylanolyticum LX-11 (バクテリア) 株: LX-11 / 遺伝子: Thexy_2211 / プラスミド: PET30A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F6BL85, beta-glucosidase |
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#2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 4種, 632分子
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.18 M AMMONIUM SULFATE, 22% PEG 3350, 0.1 M MES, PH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 129825 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 12670 / CC1/2: 0.758 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5BVU 解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.96 Å2 / Biso mean: 18.588 Å2 / Biso min: 8.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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