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万見
- PDB-8i02: Cryo-EM structure of the SIN3S complex from S. pombe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i02
タイトルCryo-EM structure of the SIN3S complex from S. pombe
要素
  • Chromatin modification-related protein eaf3
  • Cph1
  • Histone deacetylase clr6
  • Paired amphipathic helix protein pst2
  • RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1
  • Uncharacterized protein C2F7.07c
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / SIN3 / SIN3S / Pst2 / Clr6 / deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K9 deacetylase activity / histone H3K14 deacetylase activity / histone H4K16 deacetylase activity / : / SUMOylation of chromatin organization proteins / HDACs deacetylate histones / H3-H4 histone complex chaperone activity / Rpd3L complex / Rpd3S complex / Rpd3L-Expanded complex ...histone H3K9 deacetylase activity / histone H3K14 deacetylase activity / histone H4K16 deacetylase activity / : / SUMOylation of chromatin organization proteins / HDACs deacetylate histones / H3-H4 histone complex chaperone activity / Rpd3L complex / Rpd3S complex / Rpd3L-Expanded complex / ヒストン脱アセチル化酵素 / protein lysine deacetylase activity / DNA repair-dependent chromatin remodeling / histone deacetylase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / Sin3-type complex / heterochromatin formation / epigenetic regulation of gene expression / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 紡錘体 / transcription corepressor activity / histone binding / クロマチンリモデリング / DNA修復 / DNA damage response / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily ...Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / ヒストン脱アセチル化酵素 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / G-protein beta WD-40 repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Paired amphipathic helix protein pst2 / Chromatin modification-related protein eaf3 / RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1 / Histone deacetylase clr6 / Uncharacterized protein C2F7.07c / Uncharacterized protein C16C9.05
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, C. / Guo, Z. / Zhan, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Two assembly modes for SIN3 histone deacetylase complexes.
著者: Chengcheng Wang / Zhouyan Guo / Chen Chu / Yichen Lu / Xiaofeng Zhang / Xiechao Zhan /
要旨: The switch-independent 3 (SIN3)/histone deacetylase (HDAC) complexes play essential roles in regulating chromatin accessibility and gene expression. There are two major types of SIN3/HDAC complexes ...The switch-independent 3 (SIN3)/histone deacetylase (HDAC) complexes play essential roles in regulating chromatin accessibility and gene expression. There are two major types of SIN3/HDAC complexes (named SIN3L and SIN3S) targeting different chromatin regions. Here we present the cryo-electron microscopy structures of the SIN3L and SIN3S complexes from Schizosaccharomyces pombe (S. pombe), revealing two distinct assembly modes. In the structure of SIN3L, each Sin3 isoform (Pst1 and Pst3) interacts with one histone deacetylase Clr6, and one WD40-containing protein Prw1, forming two lobes. These two lobes are bridged by two vertical coiled-coil domains from Sds3/Dep1 and Rxt2/Png2, respectively. In the structure of SIN3S, there is only one lobe organized by another Sin3 isoform Pst2; each of the Cph1 and Cph2 binds to an Eaf3 molecule, providing two modules for histone recognition and binding. Notably, the Pst1 Lobe in SIN3L and the Pst2 Lobe in SIN3S adopt similar conformation with their deacetylase active sites exposed to the space; however, the Pst3 Lobe in SIN3L is in a compact state with its active center buried inside and blocked. Our work reveals two classical organization mechanisms for the SIN3/HDAC complexes to achieve specific targeting and provides a framework for studying the histone deacetylase complexes.
履歴
登録2023年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Cph1
A: Paired amphipathic helix protein pst2
B: Histone deacetylase clr6
C: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1
D: Chromatin modification-related protein eaf3
E: Chromatin modification-related protein eaf3
G: Uncharacterized protein C2F7.07c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)412,47715
ポリマ－412,0077
非ポリマー4718
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 7分子 FABCDEG

#1: タンパク質 Cph1


分子量: 45046.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09819
#2: タンパク質 Paired amphipathic helix protein pst2 / SIN3 homolog 2


分子量: 125011.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O13919
#3: タンパク質 Histone deacetylase clr6 / Cryptic loci regulator 6


分子量: 46165.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
参照: UniProt: O59702, ヒストン脱アセチル化酵素
#4: タンパク質 RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1


分子量: 48528.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14021
#5: タンパク質 Chromatin modification-related protein eaf3 / Altered polarity protein 13 / ESA1-associated factor 3


分子量: 39191.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O13953
#6: タンパク質 Uncharacterized protein C2F7.07c


分子量: 68871.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09698

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非ポリマー , 2種, 8分子

#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The SIN3S complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 777199 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00820365
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.85727611
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.6262679
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0532988
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063562

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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