+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hlk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of McyB-C1A1 complexed with L-Leu and AMP | ||||||
要素 | Microcystin synthetase B (Fragment) | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / NRPSs / microcystin synthase / condensation domain / adenylation doamin | ||||||
機能・相同性 | アデニル酸 / ロイシン 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Microcystis aeruginosa (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Peng, Y.J. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of McyB-C1A1 complexed with L-Leu and AMP 著者: Peng, Y.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hlk.cif.gz | 201.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8hlk.ent.gz | 157.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hlk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/8hlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/8hlk | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 110033.461 Da / 分子数: 1 / 変異: R464T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Microcystis aeruginosa (バクテリア) 遺伝子: mcyB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-LEU / |
#3: 化合物 | ChemComp-AMP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.35 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3M sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→13.15 Å / Num. obs: 49972 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 1.274 / Num. unique obs: 4592 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→13.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 14.107 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.376 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.7→13.15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|