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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hkh | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the LC/A1-DARPin18 complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN (毒素) / Botulinum Neurotoxin / DARPin / Catalytic Domain | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ボツリヌストキシン / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / タンパク質分解 / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu, Y. / Leka, O. / Kammerer, R. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A DARPin Increases the Catalytic Activity of BoNT/A1 著者: Leka, O. / Wu, Y. / Kammerer, R. / Li, X. / Plueckthun, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hkh.cif.gz | 411.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hkh.ent.gz | 340.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hkh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/8hkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/8hkh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49952.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: a / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7B8V4 #2: タンパク質 | 分子量: 16341.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 28 % w/v Jeffamine ED-2003 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→49.19 Å / Num. obs: 39460 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 47.03 Å2 / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 4.49 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 2962 / CC1/2: 0.452 / % possible all: 94.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→49.188 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 36.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.21 Å2 / Biso mean: 52.3634 Å2 / Biso min: 18.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→49.188 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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