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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hj3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | cryoEM structure of glutamate dehydrogenase from Thermococcus profundus in complex with NADP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Glutamate dehydrogenase![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Wakabayashi, T. / Oide, M. / Kato, T. / Nakasako, M. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Coenzyme-binding pathway on glutamate dehydrogenase suggested from multiple-binding sites visualized by cryo-electron microscopy. 著者: Taiki Wakabayashi / Mao Oide / Takayuki Kato / Masayoshi Nakasako / ![]() 要旨: The structure of hexameric glutamate dehydrogenase (GDH) in the presence of the coenzyme nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADP) was visualized using cryogenic transmission electron ...The structure of hexameric glutamate dehydrogenase (GDH) in the presence of the coenzyme nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADP) was visualized using cryogenic transmission electron microscopy to investigate the ligand-binding pathways to the active site of the enzyme. Each subunit of GDH comprises one hexamer-forming core domain and one nucleotide-binding domain (NAD domain), which spontaneously opens and closes the active-site cleft situated between the two domains. In the presence of NADP, the potential map of GDH hexamer, assuming D3 symmetry, was determined at a resolution of 2.4 Å, but the NAD domain was blurred due to the conformational variety. After focused classification with respect to the NAD domain, the potential maps interpreted as NADP molecules appeared at five different sites in the active-site cleft. The subunits associated with NADP molecules were close to one of the four metastable conformations in the unliganded state. Three of the five binding sites suggested a pathway of NADP molecules to approach the active-site cleft for initiating the enzymatic reaction. The other two binding modes may rarely appear in the presence of glutamate, as demonstrated by the reaction kinetics. Based on the visualized structures and the results from the enzymatic kinetics, we discussed the binding modes of NADP to GDH in the absence and presence of glutamate. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34831MC ![]() 8hhoC ![]() 8hiqC ![]() 8hizC ![]() 8hj9C C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 46758.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Hexamer of glutamate dehydrogenase in the presence of NADP タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.264 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.0036 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 1.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 10389 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3037558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59423 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |