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- PDB-8hfr: NPC-trapped pre-60S particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hfr
タイトルNPC-trapped pre-60S particle
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 37
  • (Nucleolar GTP-binding protein ...) x 2
  • (Ribosome biogenesis protein ...リボソーム生合成) x 3
  • (YEAST 60S ribosomal protein ...) x 2
  • 25S ribosomal RNAリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • 60S ribosomal export protein NMD3
  • Bud site selection protein 20
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • Probable metalloprotease ARX1
  • Ribosome assembly factor MRT4
  • Shuttling pre-60S factor ECM1
  • Translation machinery-associated protein 16
  • UPF0642 protein YBL028C
  • mRNA export factor MEX67
  • mRNA transport regulator MTR2
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / pre-60S ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA export factor complex / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / nuclear pore central transport channel / 加水分解酵素 / U4 snRNA binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...nuclear RNA export factor complex / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / nuclear pore central transport channel / 加水分解酵素 / U4 snRNA binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / poly(A)+ mRNA export from nucleus / response to cycloheximide / porin activity / maturation of 5.8S rRNA / ATPase activator activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / protein-RNA complex assembly / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / U5 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / ribosomal subunit export from nucleus / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / U1 snRNA binding / Neutrophil degranulation / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / cytosolic ribosome assembly / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / オートファジー / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / metallopeptidase activity / protein transport / リボソーム生合成 / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ATPase binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / nucleic acid binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / 核小体 / GTP binding / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Mex67, RNA recognition motif / RNA認識モチーフ / Ribosome biogenesis protein Alb1 / Alb1 / Translation machinery-associated protein 16 / Tma16 superfamily / Translation machinery-associated protein 16 / Nuclear transport factor 2/Mtr2 ...Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Mex67, RNA recognition motif / RNA認識モチーフ / Ribosome biogenesis protein Alb1 / Alb1 / Translation machinery-associated protein 16 / Tma16 superfamily / Translation machinery-associated protein 16 / Nuclear transport factor 2/Mtr2 / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nmd3, N-terminal / Nuclear RNA export factor / Ribosomal export protein Nmd3 / : / : / NMD3 family / NMD3 OB-fold domain / NMD3 SH3 domain / : / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nucleolar GTP-binding protein 2, N-terminal domain / Nucleolar GTP-binding protein 2 / NGP1NT (NUC091) domain / Domain of unknown function DUF2423 / YBL028C ribosome biogenesis factor, N-terminal domain / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / Ribosomal biogenesis NSA2 family / Ribosome assembly factor Mrt4 / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / 50S ribosome-binding GTPase / Creatinase/aminopeptidase-like / GTP binding domain / UBA-like superfamily / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / metallochaperone-like domain / TRASH domain / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / : / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L14e domain / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L7A/L8 / NTF2-like domain superfamily / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L14, KOW motif / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 ...: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL1A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein uL11A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Ribosome assembly factor MRT4 / mRNA transport regulator MTR2 / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / UPF0642 protein YBL028C / 60S ribosomal export protein NMD3 / Shuttling pre-60S factor ECM1 / Ribosome biogenesis protein NSA2 / Ribosome biogenesis protein ALB1 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Nucleolar GTP-binding protein 2 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Nucleolar GTP-binding protein 1 / Probable metalloprotease ARX1 / Ribosome biogenesis protein RLP24 / Bud site selection protein 20 / Translation machinery-associated protein 16 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein eL13A / mRNA export factor MEX67
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Li, Z.Q. / Chen, S.J. / Sui, S.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Nuclear export of pre-60S particles through the nuclear pore complex.
著者: Zongqiang Li / Shuaijiabin Chen / Liang Zhao / Guoqiang Huang / Huiqin Xu / Xiaoyun Yang / Peiyi Wang / Ning Gao / Sen-Fang Sui /
要旨: The nuclear pore complex (NPC) is the bidirectional gate that mediates the exchange of macromolecules or their assemblies between nucleus and cytoplasm. The assembly intermediates of the ribosomal ...The nuclear pore complex (NPC) is the bidirectional gate that mediates the exchange of macromolecules or their assemblies between nucleus and cytoplasm. The assembly intermediates of the ribosomal subunits, pre-60S and pre-40S particles, are among the largest cargoes of the NPC and the export of these gigantic ribonucleoproteins requires numerous export factors. Here we report the cryo-electron microscopy structure of native pre-60S particles trapped in the channel of yeast NPCs. In addition to known assembly factors, multiple factors with export functions are also included in the structure. These factors in general bind to either the flexible regions or subunit interface of the pre-60S particle, and virtually form many anchor sites for NPC binding. Through interactions with phenylalanine-glycine (FG) repeats from various nucleoporins of NPC, these factors collectively facilitate the passage of the pre-60S particle through the central FG repeat network of the NPC. Moreover, in silico analysis of the axial and radial distribution of pre-60S particles within the NPC shows that a single NPC can take up to four pre-60S particles simultaneously, and pre-60S particles are enriched in the inner ring regions close to the wall of the NPC with the solvent-exposed surface facing the centre of the nuclear pore. Our data suggest a translocation model for the export of pre-60S particles through the NPC.
履歴
登録2022年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
h1: 60S ribosomal protein L35-A
g2: 60S ribosomal protein L34-A
b3: 60S ribosomal protein L29
B4: 60S ribosomal protein L2-A
V5: 60S ribosomal protein L23-A
O6: 60S ribosomal protein L16-A
f7: 60S ribosomal protein L33-A
F8: 60S ribosomal protein L6-A
v9: Nucleolar GTP-binding protein 2
rA: Nucleolar GTP-binding protein 1
tB: Ribosome biogenesis protein RLP24
cC: 60S ribosomal protein L30
CD: 60S ribosomal protein L3
yE: Eukaryotic translation initiation factor 6
UF: 60S ribosomal protein L22-A
dG: 60S ribosomal protein L31-A
eH: 60S ribosomal protein L32
xI: Shuttling pre-60S factor ECM1
qJ: Ribosome biogenesis protein ALB1
DK: mRNA transport regulator MTR2
LL: 60S ribosomal protein L13-A
KM: YEAST 60S ribosomal protein L12-A
AN: mRNA export factor MEX67
DO: 60S ribosomal protein L4-A
RP: 60S ribosomal protein L19-A
MQ: 60S ribosomal protein L14-A
FR: mRNA transport regulator MTR2
mS: 60S ribosomal protein L42-A
pT: Probable metalloprotease ARX1
YU: 60S ribosomal protein L26-A
vV: 60S ribosomal export protein NMD3
CW: mRNA export factor MEX67
EX: mRNA export factor MEX67
nY: 60S ribosomal protein L43-A
SZ: 60S ribosomal protein L20-A
ia: 60S ribosomal protein L36-A
Ib: 60S ribosomal protein L9-A
Xc: 60S ribosomal protein L25
xd: Ribosome biogenesis protein NSA2
1e: 25S ribosomal RNA
2f: 5S ribosomal RNA
Wg: Ribosome assembly factor MRT4
jh: 60S ribosomal protein L37-A
li: 60S ribosomal protein L39
Hj: 60S ribosomal protein L8-A
Qk: 60S ribosomal protein L18-A
Tl: 60S ribosomal protein L21-A
sm: Translation machinery-associated protein 16
3n: 5.8S ribosomal RNA
No: 60S ribosomal protein L15-A
zp: UPF0642 protein YBL028C
Zq: 60S ribosomal protein L27-A
kr: 60S ribosomal protein L38
As: YEAST 60S ribosomal protein L1-A
Bt: mRNA transport regulator MTR2
Gu: 60S ribosomal protein L7-A
Pv: 60S ribosomal protein L17-A
aw: 60S ribosomal protein L28
ox: Bud site selection protein 20
Jy: 60S ribosomal protein L11-A
Ez: 60S ribosomal protein L5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,639,604298
ポリマ－2,633,84461
非ポリマー5,760237
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Endogenous purification
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
60S ribosomal protein ... , 37種, 37分子 h1g2b3B4V5O6f7F8cCCDUFdGeHLLDORPMQmSYUnYSZiaIbXcjhliHjQkTlNo...

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein uL29-A


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL35A, SOS1, YDL191W, D1249 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX84
#2: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / リボソーム


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL34A, YER056C-A, YER056BC / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P87262
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / / YL43


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL29, YL43, YFR032C-A, YFR032BW / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05747
#4: タンパク質 60S ribosomal protein L2-A / リボソーム / L5 / Large ribosomal subunit protein uL2-A / RP8 / YL6


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL2A, RPL5B, YFR031C-A, YFR031BC / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX45
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / リボソーム / L17a / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL23A, RPL17A, RPL17AA, YBL087C, YBL0713 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX41
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / リボソーム / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL16A, RPL13, RPL21A, YIL133C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26784
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / リボソーム / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL33A, RPL37A, YPL143W, LPI4W, P2625 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05744
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / リボソーム / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-A / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL6A, RPL17A, YL16A, YML073C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02326
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / / L32 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL30, RPL32, YGL030W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14120
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL3, MAK8, TCM1, YOR063W, YOR29-14 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14126
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / リボソーム / L1c / RP4 / YL31


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL22A, YLR061W, L2168 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05749
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / リボソーム / L34 / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL31A, RPL34, RPL34A, YDL075W, D2478 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H8
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL32, YBL092W, YBL0838 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38061
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL13-A


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL13A, YDL082W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12690
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / リボソーム / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL4A, RPL2, RPL2A, YBR031W, YBR0315 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P10664
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / リボソーム / L23 / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL19A, RPL23A, YL14A, YBR084C-A, YBR084BC / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX82
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL14A, YKL006W, YKL153 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36105
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L42-A / リボソーム / L41 / YL27 / YP44


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL42A, RPL41A, SCL41A, YNL162W, N1722 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX27
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / リボソーム / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL26A, RPL26, RPL33A, YLR344W, L8300.4 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05743
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / リボソーム / L37a / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL43A, YPR043W, YP9499.02 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX25
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / リボソーム / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL20A, RPL18A, RPL18A2, YMR242C, YM9408.04C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX23
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / リボソーム / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL36A, RPL39A, YMR194W, YM9646.06 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05745
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / リボソーム / L8 / Large ribosomal subunit protein uL6-A / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL9A, RPL8A, RPL9, YGL147C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05738
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL25, YOL127W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04456
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / リボソーム / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL37A, RPL35A, YLR185W, L9470.6 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49166
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / / L46 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL39, RPL46, SPB2, YJL189W, J0360 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04650
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / リボソーム / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL8A, MAK7, RPL4A, YHL033C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17076
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL18-A / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL18A, RP28A, YOL120C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX49
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A / リボソーム


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL21A, URP1, YBR191W, YBR1401 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02753
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / リボソーム / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL15A, RPL10A, RPL13A, YL10A, YLR029C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05748
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A / リボソーム


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL27A, RPL27, YHR010W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H6
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L38 /


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL38, YLR325C, L8543.2 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49167
#52: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / リボソーム / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL7A, RPL6A, RPL8A, YL8A, YGL076C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05737
#53: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / リボソーム / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL17A, RPL17, RPL20A, YKL180W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05740
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / / L27a / L29 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL28, CYH2, YGL103W60S ribosomal protein L28 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P02406
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L11-A / リボソーム / L16 / RP39 / YL22


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL11A, RP39A, RPL16A, YPR102C, P8283.14 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W9
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / / L1 / L1a / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL5, RPL1, RPL1A, YPL131W, LPI14W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26321

-
Nucleolar GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 v9rA

#9: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 2


分子量: 55585.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: NOG2, YNR053C, N3484 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53742
#10: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 1


分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: NOG1, YPL093W, LPG15W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02892

-
Ribosome biogenesis protein ... , 3種, 3分子 tBqJxd

#11: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP24 / リボソーム生合成 / Ribosomal protein L24-like


分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RLP24, YLR009W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07915
#19: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ALB1 / リボソーム生合成


分子量: 19322.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: ALB1, YJL122W, J0723 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47019
#36: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NSA2 / リボソーム生合成 / NOP7-associated protein 2


分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: NSA2, YER126C, SYGP-ORF47 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40078

-
タンパク質 , 10種, 14分子 yExIDKFRBtANCWEXpTvVWgsmzpox

#14: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6


分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: TIF6, CDC95, YPR016C, LPZ15C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12522
#18: タンパク質 Shuttling pre-60S factor ECM1 / Extracellular mutant protein 1 / Protein SIM1


分子量: 23934.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: ECM1, SIM1, YAL059W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39715
#20: タンパク質 mRNA transport regulator MTR2


分子量: 20802.506 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: MTR2, YKL186C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P34232
#23: タンパク質 mRNA export factor MEX67


分子量: 67417.477 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: MEX67, YPL169C, P2520 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99257
#28: タンパク質 Probable metalloprotease ARX1 / Associated with ribosomal export complex protein 1


分子量: 65290.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: ARX1, YDR101C, YD8557.10c / 参照: UniProt: Q03862, 加水分解酵素
#30: タンパク質 60S ribosomal export protein NMD3 / Nonsense-mediated mRNA decay protein 3


分子量: 59167.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: NMD3, YHR170W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38861
#39: タンパク質 Ribosome assembly factor MRT4 / mRNA turnover protein 4


分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: MRT4, YKL009W, YKL160 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33201
#45: タンパク質 Translation machinery-associated protein 16


分子量: 20883.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: TMA16, YOR252W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08687
#48: タンパク質 UPF0642 protein YBL028C


分子量: 12435.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: YBL028C, YBL0423 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38202
#55: タンパク質 Bud site selection protein 20


分子量: 18546.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: BUD20, YLR074C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08004

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YEAST 60S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 KMAs

#22: タンパク質 YEAST 60S ribosomal protein L12-A / リボソーム / L15 / Large ribosomal subunit protein uL11-A / YL23


分子量: 17850.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL12A / 参照: UniProt: P0CX53
#51: タンパク質 YEAST 60S ribosomal protein L1-A / リボソーム / L10a / Large ribosomal subunit protein uL1-A


分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
属: RPL1A,SSM1,SSM1A / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX43

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RNA鎖 , 3種, 3分子 1e2f3n

#37: RNA鎖 25S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: GenBank: NR_132207
#38: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: GenBank: 1039023795
#46: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: GenBank: 1669301378

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非ポリマー , 1種, 237分子

#58: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NPC-trapped pre-60S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#57 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86343 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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