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万見
- PDB-8hc0: Crystal structure of the extracellular domains of GPR110 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hc0
タイトルCrystal structure of the extracellular domains of GPR110
要素(Adhesion G-protein coupled receptor ...) x 3
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / Adhesion GPCR / GPR110 / synaptamide / molecular dynamics simulations
機能・相同性
機能・相同性情報


energy reserve metabolic process / fat cell differentiation / regulation of lipid metabolic process / synapse assembly / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 記憶 / neuron projection development / cytoplasmic vesicle / cell surface receptor signaling pathway ...energy reserve metabolic process / fat cell differentiation / regulation of lipid metabolic process / synapse assembly / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 記憶 / neuron projection development / cytoplasmic vesicle / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
GPCR family 2, Ig-hepta-like receptor / SEA domain profile. / GAIN domain superfamily / SEA domain / SEA domain / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GPCR, family 2, secretin-like ...GPCR family 2, Ig-hepta-like receptor / SEA domain profile. / GAIN domain superfamily / SEA domain / SEA domain / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Adhesion G-protein coupled receptor F1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, F.F. / Song, G.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171215 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of the Extracellular Domains of GPR110.
著者: Wang, F. / Wang, Y. / Qiu, W. / Zhang, Q. / Yang, H. / Song, G.
履歴
登録2022年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adhesion G-protein coupled receptor F1
C: Adhesion G-protein coupled receptor F1
B: Adhesion G-protein coupled receptor F1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,14711
ポリマ－48,5263
非ポリマー2,6218
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10570 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area20590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.825, 47.993, 87.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Adhesion G-protein coupled receptor ... , 3種, 3分子 ACB

#1: タンパク質 Adhesion G-protein coupled receptor F1 / G protein-coupled receptor 110 / G protein-coupled receptor KPG_012 / G protein-coupled receptor PGR19


分子量: 39499.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADGRF1, GPR110, PGR19 / 細胞株 (発現宿主): HEK293gnt-
発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
参照: UniProt: Q5T601
#2: タンパク質・ペプチド Adhesion G-protein coupled receptor F1 / G protein-coupled receptor 110 / G protein-coupled receptor KPG_012 / G protein-coupled receptor PGR19


分子量: 2413.712 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADGRF1, GPR110, PGR19 / 細胞株 (発現宿主): HEK293gnt-
発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
参照: UniProt: Q5T601
#3: タンパク質 Adhesion G-protein coupled receptor F1 / G protein-coupled receptor 110 / G protein-coupled receptor KPG_012 / G protein-coupled receptor PGR19


分子量: 6612.419 Da / 分子数: 1 / Fragment: N-terminal / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADGRF1, GPR110, PGR19 / 細胞株 (発現宿主): HEK293gnt-
発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
参照: UniProt: Q5T601

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糖 , 2種, 8分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 45分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG-MME 2,000, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→43.8 Å / Num. obs: 18390 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.18 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 9.68
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.9-3.070.57915550.7320.7011
3.07-3.280.41615110.8620.4951
3.28-3.540.27414010.920.3271
3.54-3.880.18212720.970.2181
3.88-4.330.11911990.980.1431
4.33-50.08310150.9870.11
5-6.10.0838820.9880.1011
6.1-8.540.0626890.9930.0761
8.54-43.80.0494090.9950.061

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXphenix-1.19.2-4158精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted by AlphaFold2

解像度: 2.9→19.8 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2918 938 5.1 %
Rwork0.2325 --
obs0.2355 18390 95.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3427 0 42 45 3514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5794819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.303545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.156605
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.050.42491280.33012371X-RAY DIFFRACTION92
3.05-3.240.29811310.30752554X-RAY DIFFRACTION97
3.24-3.490.34551330.26312509X-RAY DIFFRACTION98
3.49-3.840.29471400.24032515X-RAY DIFFRACTION96
3.84-4.390.29241420.19912522X-RAY DIFFRACTION96
4.39-5.510.251450.2042477X-RAY DIFFRACTION96
5.51-19.80.27691190.22332504X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9099-0.54470.3113.8146-0.55573.3848-0.3889-0.3660.095-0.17080.05560.13580.0615-0.37880.26950.4506-0.1011-0.08620.70650.12080.5396-54.929-7.407424.5407
24.29222.198-0.11033.72290.52263.99130.2215-0.6535-0.02530.1129-0.08210.55180.07350.2342-0.08680.43060.0410.04770.46070.01350.3748-42.88688.423720.4885
30.7429-0.25980.99531.8006-0.91633.1684-0.06790.05220.2105-0.107-0.0827-0.2535-0.20220.22010.13640.3375-0.00770.01170.4107-0.04850.4505-20.488930.37812.1388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 207 through 253) or chain 'B'
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 254 through 299)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and (resid 300 through 566)) or chain 'C'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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