PDB-8h8o: Crystal structure of apo-R52W/E56W/R59W/E63W-rHLFr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h8o

タイトル

Crystal structure of apo-R52W/E56W/R59W/E63W-rHLFr

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN /

Ferritin (フェリチン)

機能・相同性

機能・相同性情報

: / intracellular sequestering of iron ion /

ferric iron binding /

ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Hishikawa, Y. / Noya, H. / Maity, B. / Abe, S. / Ueno, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: Elucidating Conformational Dynamics and Thermostability of Designed Aromatic Clusters by Using Protein Cages.
著者: Hishikawa, Y. / Noya, H. / Nagatoishi, S. / Yoshidome, T. / Maity, B. / Tsumoto, K. / Abe, S. / Ueno, T.

履歴

登録	2022年10月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h8o.cif.gz	61.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h8o.ent.gz	43.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h8o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h8lC 8h8mC 8h8nC 1datS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (11) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
506 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.133, 181.133, 181.133
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-204- CD
2	1	A-205- CD
3	1	A-206- CD
4	1	A-458- HOH
5	1	A-491- HOH
6	1	A-514- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ferritin light chain / / Ferritin L subunit 分子量: 20044.652 Da / 分子数: 1 / 変異: R52W,E56W,R59W,E63W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 5種, 251分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulphate, Cadmium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20.259 Å / Num. obs: 41179 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.8 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 2010 / CC_1/2: 0.947

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DAT

1dat

解像度: 1.5→20.259 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 0.94 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1788	2068	5.065 %
R_work	0.1619	38759	-
all	0.163	-	-
obs	-	40827	99.056 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.328 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20.259 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1393	0	21	240	1654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.858	1.629	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.611	1.577	3422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.682	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.386	22.632	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.27	15	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.172	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	725
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	680
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.097	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.254	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.137	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.17	0.95	730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.171	0.95	730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.888	1.414	920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.887	1.419	921
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.293	1.215	836
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.28	1.21	833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.505	1.743	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.511	1.731	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.433	12.992	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.088	11.915	1860

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.23	151	0.207	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.7646
1.539-1.581	0.231	127	0.192	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.966
1.581-1.627	0.205	126	0.184	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.9288
1.627-1.677	0.168	149	0.174	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.9272
1.677-1.732	0.187	146	0.171	2532	X-RAY DIFFRACTION	99.8509
1.732-1.793	0.206	148	0.168	2438	X-RAY DIFFRACTION	99.9227
1.793-1.861	0.19	111	0.168	2385	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.861-1.936	0.193	118	0.168	2260	X-RAY DIFFRACTION	98.7542
1.936-2.023	0.203	126	0.17	2167	X-RAY DIFFRACTION	98.8362
2.023-2.121	0.132	122	0.149	2091	X-RAY DIFFRACTION	99.0157
2.121-2.236	0.162	106	0.149	1991	X-RAY DIFFRACTION	98.2201
2.236-2.372	0.154	99	0.145	1874	X-RAY DIFFRACTION	98.0129
2.372-2.535	0.189	78	0.139	1782	X-RAY DIFFRACTION	98.4127
2.535-2.738	0.152	93	0.139	1660	X-RAY DIFFRACTION	98.1523
2.738-2.999	0.126	74	0.139	1557	X-RAY DIFFRACTION	98.253
2.999-3.353	0.172	76	0.154	1391	X-RAY DIFFRACTION	98.1928
3.353-3.871	0.177	70	0.155	1262	X-RAY DIFFRACTION	98.8131
3.871-4.739	0.178	60	0.147	1075	X-RAY DIFFRACTION	98.2684
4.739-6.696	0.231	59	0.202	864	X-RAY DIFFRACTION	99.2473
6.696-20.259	0.202	29	0.226	521	X-RAY DIFFRACTION	94.3396

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 251分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 251分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 251分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)