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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h67 | |||||||||
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タイトル | type I-B Cascade bound to a PAM-containing dsDNA target at 3.8 angstrom resolution. | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Xiao, Y. / Lu, M. / Yu, C. / Zhang, Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and genome editing of type I-B CRISPR-Cas. 著者: Meiling Lu / Chenlin Yu / Yuwen Zhang / Wenjun Ju / Zhi Ye / Chenyang Hua / Jinze Mao / Chunyi Hu / Zhenhuang Yang / Yibei Xiao / ![]() ![]() 要旨: Type I CRISPR-Cas systems employ multi-subunit effector Cascade and helicase-nuclease Cas3 to target and degrade foreign nucleic acids, representing the most abundant RNA-guided adaptive immune ...Type I CRISPR-Cas systems employ multi-subunit effector Cascade and helicase-nuclease Cas3 to target and degrade foreign nucleic acids, representing the most abundant RNA-guided adaptive immune systems in prokaryotes. Their ability to cause long fragment deletions have led to increasing interests in eukaryotic genome editing. While the Cascade structures of all other six type I systems have been determined, the structure of the most evolutionarily conserved type I-B Cascade is still missing. Here, we present two cryo-EM structures of the Synechocystis sp. PCC 6714 (Syn) type I-B Cascade, revealing the molecular mechanisms that underlie RNA-directed Cascade assembly, target DNA recognition, and local conformational changes of the effector complex upon R-loop formation. Remarkably, a loop of Cas5 directly intercalated into the major groove of the PAM and facilitated PAM recognition. We further characterized the genome editing profiles of this I-B Cascade-Cas3 in human CD3 T cells using mRNA-mediated delivery, which led to unidirectional 4.5 kb deletion in TRAC locus and achieved an editing efficiency up to 41.2%. Our study provides the structural basis for understanding target DNA recognition by type I-B Cascade and lays foundation for harnessing this system for long range genome editing in human T cells. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 563.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 461.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34495MC ![]() 8ip0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 B
#1: RNA鎖 | ![]() 分子量: 22646.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 CD
#2: DNA鎖 | 分子量: 3390.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 2705.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-CRISPR associated protein ... , 4種, 12分子 AEFGHJKILMNO
#4: タンパク質 | 分子量: 26592.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC 6714 / 遺伝子: D082_50520 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A068N1Y0 | ||||
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#5: タンパク質 | 分子量: 33789.074 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC 6714 / 遺伝子: D082_50510 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A068N458 #6: タンパク質 | | 分子量: 69287.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC 6714 / 遺伝子: D082_50500 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A068N831 #7: タンパク質 | 分子量: 14538.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC 6714 / 遺伝子: D082_50500 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A068N831 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC6714 Cascade bound to a PAM-containing dsDNA target at 3.8 angstrom resolution. タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成![]() | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33011 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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