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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h4q | |||||||||
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タイトル | Aspergillomarasmine A biosynthese complex with OPS | |||||||||
要素 | Rhodanese domain-containing protein | |||||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Aspergillomarasmine A biosynthese | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | Pyrenophora teres f. teres 0-1 (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.22 Å | |||||||||
データ登録者 | Lu, M. / Zhang, J. / Wang, Z. / Han, L. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Aspergillomarasmine A biosynthese complex with OPS 著者: Lu, M. / Zhang, J. / Wang, Z. / Han, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h4q.cif.gz | 382.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h4q.ent.gz | 316.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h4q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/8h4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/8h4q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57840.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrenophora teres f. teres 0-1 (菌類) 遺伝子: PTT_12124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3RT21 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium acetate, 1.8M sodium formate / PH範囲: 5.0-5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→102.82 Å / Num. obs: 147718 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 54.65 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5281 / CC1/2: 0.85 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.22→24.19 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 161.96 Å2 / Biso min: 45.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.22→24.19 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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