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- PDB-8gv6: Crystal structure of PN-SIA28 in complex with influenza hemagglut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gv6
タイトルCrystal structure of PN-SIA28 in complex with influenza hemagglutinin H14 (A/long-tailed duck/Wisconsin/10OS3912/2010)
要素
  • (Hemagglutinin H14- ...) x 2
  • PN-SIA28 heavy chain
  • PN-SIA28 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / Influenza (インフルエンザ) / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / antibody (抗体) / broadly neutralizing / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chen, Y. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Not funded 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for a human broadly neutralizing influenza A hemagglutinin stem-specific antibody including H17/18 subtypes.
著者: Chen, Y. / Wang, F. / Yin, L. / Jiang, H. / Lu, X. / Bi, Y. / Zhang, W. / Shi, Y. / Burioni, R. / Tong, Z. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin H14-HA1
B: Hemagglutinin H14-HA2
C: Hemagglutinin H14-HA1
D: Hemagglutinin H14-HA2
E: Hemagglutinin H14-HA1
F: Hemagglutinin H14-HA2
G: PN-SIA28 heavy chain
H: PN-SIA28 light chain
I: PN-SIA28 heavy chain
J: PN-SIA28 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,53715
ポリマ－219,61810
非ポリマー1,9195
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.662, 120.990, 129.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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Hemagglutinin H14- ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Hemagglutinin H14-HA1


分子量: 35512.953 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/long-tailed duck/Wisconsin/10OS3912/2010(H14N6)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G5DSS3
#2: タンパク質 Hemagglutinin H14-HA2


分子量: 20949.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/long-tailed duck/Wisconsin/10OS3912/2010(H14N6)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G5DSS3

-
抗体 , 2種, 4分子 GIHJ

#3: 抗体 PN-SIA28 heavy chain


分子量: 13588.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 PN-SIA28 light chain


分子量: 11527.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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糖 , 2種, 5分子

#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris, 5% w/v PGA-LM, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 36855 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 61.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Net I/σ(I): 5.58
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / Rmerge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3591

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GJS

5gjs


解像度: 3.4→49.72 Å / SU ML: 0.4499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.886
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 1615 4.95 %
Rwork0.2212 31022 -
obs0.2232 32637 86.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→49.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15000 0 126 0 15126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.585420929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00422729
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.26775628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.490.38610.32831047X-RAY DIFFRACTION35.82
3.49-3.60.42081040.29981628X-RAY DIFFRACTION56.07
3.6-3.730.29761290.27322152X-RAY DIFFRACTION73.58
3.73-3.880.33771470.27672571X-RAY DIFFRACTION87.06
3.88-4.060.30361320.26322837X-RAY DIFFRACTION95.16
4.06-4.270.29981340.23392907X-RAY DIFFRACTION97.97
4.27-4.540.25041520.20612942X-RAY DIFFRACTION98.72
4.54-4.890.24691580.19452958X-RAY DIFFRACTION99.3
4.89-5.380.22951560.18832970X-RAY DIFFRACTION99.74
5.38-6.160.26171490.20452970X-RAY DIFFRACTION99.65
6.16-7.750.2181460.20782993X-RAY DIFFRACTION99.71
7.76-49.720.18551470.18973047X-RAY DIFFRACTION99.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21026450798-0.134576861795-0.6277536099520.4161643907150.03723900559870.930634087595-0.00621896692019-0.09378511965990.100703120009-0.06205464736840.0404964482364-0.119366235260.1802443584560.281018928401-0.06491112697220.2660563883670.0439468473613-0.02926667921910.241101036806-0.01209042270010.3001774410694.933-1.80919.49
20.6811574824320.0322835346675-0.3491367787820.750287635141-0.1940978929661.786949768050.0512704624869-0.4485845490410.1029858565040.237017873060.0562818833640.09918564668430.03130716388630.140236571094-0.02161383649050.3228941902750.0463497440525-0.02154311912310.371169932091-0.04460448029190.256826672608-28.779-0.00858.107
30.852812132829-0.301457761107-0.5667058321390.422064847883-0.235306292111.161690874880.01726714847770.204323341386-0.145563546921-0.146226583277-0.17850524989-0.02686812273570.173721756425-0.0217728475198-0.002428451841660.412133319858-0.0497301339576-0.08026596798090.253709641561-0.06541269251570.274400889015-19.479-14.412.531
41.145971978270.228243931402-0.7268282984090.74682156492-0.415293821220.820010234-0.161417243-0.156273375392-0.08985182715720.1015374268960.04675437540060.1577071703770.1733505803580.0458900569541-0.04171667078310.2893994811890.004016386343280.03669003033810.320766583888-0.02823600517040.310007153472-42.798-11.96448.324
50.7246566947360.0174304393941-0.4381460185620.387757934211-0.2945282775691.269222818740.2121837925410.2461453322090.222008989274-0.04433025422-0.0557162321905-0.00226850395737-0.170302849616-0.000108944833193-0.098417720030.355636998979-0.02177226595420.019368341620.225481113065-0.001676752308290.35229556153-16.80917.355.449
61.26427582938-0.441908868294-0.6392328928790.3470547267870.2735727951741.3970915916-0.0396032311899-0.0451239563027-0.0122908126030.0935713748454-0.01437377776110.151340588813-0.309486375832-0.336188887833-0.1420767414230.3616833528190.002244081223510.03011500132630.284118797612-0.03293269820310.396002494279-44.6348.8947.665
72.113779462530.3847127098690.09147110995871.331262956790.1934530619531.411701341290.4065781178260.212578669419-0.4453335251710.0848640533051-0.1495743746970.1868453837060.421986947983-0.393632774407-0.0454605387760.413740407382-0.0933332273651-0.03246220851370.4827741514710.0470822047210.448474586607-65.386-32.12239.432
80.5819013162520.2229720495930.1681372893630.584852089067-0.6910333128681.81894941310.1021417286750.9372008247010.3128159404590.00638382745218-0.283268307404-0.229139490671-0.0910004459814-0.145339872802-0.06897627995260.4883471364340.1233238343970.02058699018650.8936071993890.1686243087340.427188432034-58.034-18.24924.133
90.249908621675-0.0283915000085-0.23867227792.1218473046-0.4352754715980.3258912387660.0826163953505-0.4321950027681.40645534619-0.1986466647730.0874183556204-0.0112008659737-0.3344770510220.1515729948430.3950189261680.578172403298-0.02280065727040.3098168624890.532224342263-0.2637119344921.58264175464-50.98539.57548.403
101.024262273580.475945616584-0.4224535028260.565792237429-0.1617302042360.2901421711260.359711303664-0.05281781945370.8702832787-0.287054309930.056395875822-0.199377184928-0.5315381265820.727142850029-0.05940041595930.645960252639-0.1696416238550.213453301360.957097113085-0.2424492610891.47593679083-30.70433.32142.926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 8:325 )A8 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:172 )B1 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 8:325 )C8 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 1:172 )D1 - 172
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND ( RESID 8:325 OR RESID 501:501 ) )E8 - 325
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND ( RESID 8:325 OR RESID 501:501 ) )E501
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 1:172 )F1 - 172
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN G AND RESID 31:154 )G31 - 154
9X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 43:149 )H43 - 149
10X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN I AND RESID 31:154 )I31 - 154
11X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN J AND RESID 43:149 )J43 - 149

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万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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