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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gs9 | ||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 BA.2 spike RBD in complex bound with VacBB-551 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, C.C. / Ju, B. / Shen, S.L. / Zhang, Z. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Omicron BQ.1.1 and XBB.1 unprecedentedly escape broadly neutralizing antibodies elicited by prototype vaccination. 著者: Bin Ju / Qing Fan / Congcong Liu / Senlin Shen / Miao Wang / Huimin Guo / Bing Zhou / Xiangyang Ge / Zheng Zhang / ![]() 要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron subvariants have seriously attacked the antibody barrier established by natural infection and/or vaccination, especially the ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron subvariants have seriously attacked the antibody barrier established by natural infection and/or vaccination, especially the recently emerged BQ.1.1 and XBB.1. However, crucial mechanisms underlying the virus escape and the broad neutralization remain elusive. Here, we present a panoramic analysis of broadly neutralizing activity and binding epitopes of 75 monoclonal antibodies isolated from prototype inactivated vaccinees. Nearly all neutralizing antibodies (nAbs) partly or totally lose their neutralization against BQ.1.1 and XBB.1. We report a broad nAb, VacBB-551, that effectively neutralizes all tested subvariants including BA.2.75, BQ.1.1, and XBB.1. We determine the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of VacBB-551 complexed with the BA.2 spike and perform detailed functional verification to reveal the molecular basis of N460K and F486V/S mutations mediating the partial escape of BA.2.75, BQ.1.1, and XBB.1 from the neutralization of VacBB-551. Overall, BQ.1.1 and XBB.1 raised the alarm over SARS-CoV-2 evolution with unprecedented antibody evasion from broad nAbs elicited by prototype vaccination. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34226MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 20660.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 12534.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 10993.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: PBS | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() 詳細: SARS-COV-2 spike proteins were concentrated to about 2mg/mL and incubated with full-length IgG nAbs for 30min (1:2 molar ratio) | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 5s, wait for 2s, blot force:0 |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 90 K / 最低温度: 90 K |
撮影 | 平均露光時間: 1.82 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6153 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称![]() |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 5391498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 506671 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 53.8 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7XB0 PDB chain-ID: B / Accession code: 7XB0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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