PDB-8gre: F-box protein in complex with skp1(FL) and substrate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gre

タイトル

F-box protein in complex with skp1(FL) and substrate

要素

Citrate synthaseクエン酸シンターゼ
E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit
F-box protein UCC1Fボックスタンパク質

キーワード

TRANSFERASE/LIGASE /

F-box protein (Fボックスタンパク質) /

glyoxylate cycle (グリオキシル酸回路) /

E3 ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ) /

LIGASE (リガーゼ) / TRANSFERASE-LIGASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

citrate (Si)-synthase activity / citrate metabolic process /

クエン酸回路 / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Nishio, K. / Nakatsukasa, K. / Kamura, T. / Mizushima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Defective import of mitochondrial metabolic enzyme elicits ectopic metabolic stress.
著者: Nishio, K. / Kawarasaki, T. / Sugiura, Y. / Matsumoto, S. / Konoshima, A. / Takano, Y. / Hayashi, M. / Okumura, F. / Kamura, T. / Mizushima, T. / Nakatsukasa, K.

履歴

登録	2022年9月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gre.cif.gz	335.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gre.ent.gz	219.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gre.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/8gre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/8gre	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gqzC 8gr8C 8gr9C 8grfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (8) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (9) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (9) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (9) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (5)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (8)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (9)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (9)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (8)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (9)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (5)

登録構造単位

A: Citrate synthase

B: Citrate synthase

C: F-box protein UCC1

D: E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit

ヘテロ分子

169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.589, 150.942, 160.286
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Citrate synthase / クエン酸シンターゼ分子量: 51476.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: CIT2, GI527_G0000583 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q445
#2: タンパク質	F-box protein UCC1 / Fボックスタンパク質分子量: 42828.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: W303-1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質	E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit 分子量: 22357.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SKP1, GI527_G0001262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q435
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.93 % 解説: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 200 mM Na acetate, 100 mM Na citrate pH 5.5, 10% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→37.71 Å / Num. obs: 84031 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 39.95 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.28 / Num. unique obs: 8307 / CC_1/2: 0.772

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.18.2_3874	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→37.71 Å / SU ML: 0.2521 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.8254
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2323	3810	2.37 %
R_work	0.2065	156751	-
obs	0.2071	84023	98.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10481	0	24	244	10749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	10756
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4302	14580
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0375	1591
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	1866
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.4769	3990

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.32	0.3502	152	0.3134	5489	X-RAY DIFFRACTION	93.64
2.32-2.35	0.3099	128	0.3079	5853	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.35-2.39	0.3214	133	0.2917	5781	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.39-2.42	0.3129	153	0.2828	5864	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.42-2.46	0.3128	139	0.2794	5824	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.46-2.5	0.3434	149	0.2663	5873	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.5-2.54	0.2914	111	0.2578	5861	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.54-2.58	0.2621	146	0.2548	5810	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.58-2.63	0.2512	146	0.2523	5811	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.63-2.68	0.2494	144	0.2404	5819	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.68-2.73	0.2755	149	0.2487	5789	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.73-2.79	0.2699	153	0.2399	5844	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.79-2.86	0.2722	120	0.2335	5868	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.86-2.93	0.2421	168	0.2283	5838	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.93-3.01	0.2577	130	0.2208	5807	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.01-3.1	0.2681	139	0.2327	5890	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.1-3.2	0.2792	127	0.2246	5851	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.2-3.31	0.2455	154	0.2262	5798	X-RAY DIFFRACTION	99.17
3.31-3.44	0.251	138	0.2143	5841	X-RAY DIFFRACTION	99.27
3.44-3.6	0.2619	136	0.2042	5846	X-RAY DIFFRACTION	99.04
3.6-3.79	0.2364	150	0.1932	5800	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3.79-4.03	0.2136	148	0.179	5816	X-RAY DIFFRACTION	98.89
4.03-4.34	0.1906	139	0.1647	5860	X-RAY DIFFRACTION	99.27
4.34-4.77	0.1685	139	0.1606	5797	X-RAY DIFFRACTION	99.18
4.77-5.46	0.1767	141	0.1705	5822	X-RAY DIFFRACTION	99.22
5.46-6.87	0.2252	142	0.1907	5844	X-RAY DIFFRACTION	99.32
6.87-37.71	0.1726	136	0.1705	5455	X-RAY DIFFRACTION	92.8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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