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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fe9 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Ack1 kinase K161Q mutant in complex with the selective inhibitor (R)-9b | ||||||||||||
要素 | Activated CDC42 kinase 1 | ||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / tyrosine kinase (プロテインチロシンキナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / WW domain binding / クラスリン / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / クラスリン / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / WW domain binding / クラスリン / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / クラスリン / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 接着結合 / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / エンドサイトーシス / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / エンドソーム / リン酸化 / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Paung, Y. / Kan, Y. / Seeliger, M.S. / Miller, W.T. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023 タイトル: Biochemical Studies of Systemic Lupus Erythematosus-Associated Mutations in Nonreceptor Tyrosine Kinases Ack1 and Brk. 著者: Kan, Y. / Paung, Y. / Kim, Y. / Seeliger, M.A. / Miller, W.T. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fe9.cif.gz | 149.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fe9.ent.gz | 101.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fe9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/8fe9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/8fe9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32437.344 Da / 分子数: 1 / 変異: K161Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNK2, ACK1 / プラスミド: pFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組織 (発現宿主): Ovary 参照: UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-R9B / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.05 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.05 M Bis-Tris (pH 5.8), 19% PEG3350, 0.3 M MgCl2, 2.5% glycerol PH範囲: 6.0-6.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→28.99 Å / Num. obs: 7020 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.28 Å / Rmerge(I) obs: 1.088 / Num. unique obs: 624 / % possible all: 93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→28.99 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.0648 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→28.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 33.8745121239 Å / Origin y: 18.4514654772 Å / Origin z: 24.6697009095 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |