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- PDB-8fck: Structure of the vertebrate augmin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fck
タイトルStructure of the vertebrate augmin complex
要素
  • (HAUS augmin like complex subunit ...) x 4
  • (HAUS augmin-like complex subunit ...) x 4
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / microtubule (微小管) / branching microtubule nucleation / spindle assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


HAUS complex / microtubule minus-end binding / mitotic spindle microtubule / centrosome cycle / spindle assembly / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / 紡錘体 / spindle / 微小管 ...HAUS complex / microtubule minus-end binding / mitotic spindle microtubule / centrosome cycle / spindle assembly / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / 紡錘体 / spindle / 微小管 / 細胞分裂 / 中心体 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
HAUS augmin-like complex subunit 2, metazoa / HAUS augmin-like complex subunit 6 / HAUS augmin-like complex subunit 6, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 2 / HAUS augmin-like complex subunit 7-like / HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus / HAUS augmin-like complex subunit 2 / HAUS augmin-like complex subunit 4, metazoa / HAUS complex subunit 5, metazoa / HAUS augmin-like complex subunit 1 ...HAUS augmin-like complex subunit 2, metazoa / HAUS augmin-like complex subunit 6 / HAUS augmin-like complex subunit 6, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 2 / HAUS augmin-like complex subunit 7-like / HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus / HAUS augmin-like complex subunit 2 / HAUS augmin-like complex subunit 4, metazoa / HAUS complex subunit 5, metazoa / HAUS augmin-like complex subunit 1 / HAUS augmin-like complex subunit 5 / HAUS augmin-like complex subunit 4 / HAUS augmin-like complex subunit 4 / HAUS augmin-like complex subunit 5 / HAUS augmin-like complex subunit 3 / HAUS augmin-like complex subunit 3, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 3 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質
類似検索 - ドメイン・相同性
HAUS augmin-like complex subunit 5 / HAUS augmin-like complex subunit 1 / HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog / HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog / 緑色蛍光タンパク質 / HAUS augmin-like complex subunit 8 / HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog / HAUS augmin-like complex subunit 3 / HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.88 Å
データ登録者Travis, S.M. / Huang, W. / Zhang, R. / Petry, S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM142149 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM138854 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM141100 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Integrated model of the vertebrate augmin complex.
著者: Sophie M Travis / Brian P Mahon / Wei Huang / Meisheng Ma / Michael J Rale / Jodi Kraus / Derek J Taylor / Rui Zhang / Sabine Petry /
要旨: Accurate segregation of chromosomes is required to maintain genome integrity during cell division. This feat is accomplished by the microtubule-based spindle. To build a spindle rapidly and with high ...Accurate segregation of chromosomes is required to maintain genome integrity during cell division. This feat is accomplished by the microtubule-based spindle. To build a spindle rapidly and with high fidelity, cells take advantage of branching microtubule nucleation, which rapidly amplifies microtubules during cell division. Branching microtubule nucleation relies on the hetero-octameric augmin complex, but lack of structure information about augmin has hindered understanding how it promotes branching. In this work, we combine cryo-electron microscopy, protein structural prediction, and visualization of fused bulky tags via negative stain electron microscopy to identify the location and orientation of each subunit within the augmin structure. Evolutionary analysis shows that augmin's structure is highly conserved across eukaryotes, and that augmin contains a previously unidentified microtubule binding site. Thus, our findings provide insight into the mechanism of branching microtubule nucleation.
履歴
登録2022年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HAUS augmin-like complex subunit 1
B: HAUS augmin-like complex subunit 3
C: HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog
D: HAUS augmin-like complex subunit 5
E: HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog, Green fluorescent protein chimera
F: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog
G: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog
H: HAUS augmin-like complex subunit 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)404,3398
ポリマ－404,3398
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, All eight subunits coelute in a single fraction off gel filtration, as analyzed by SDS-PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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HAUS augmin-like complex subunit ... , 4種, 4分子 ABDH

#1: タンパク質 HAUS augmin-like complex subunit 1


分子量: 32655.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus1.L / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: A0A8J1L9M8
#2: タンパク質 HAUS augmin-like complex subunit 3


分子量: 68112.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus3 / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: Q6DCY9
#4: タンパク質 HAUS augmin-like complex subunit 5


分子量: 77357.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus5.L / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: A0A1L8FPI2
#8: タンパク質 HAUS augmin-like complex subunit 8 / HEC1/NDC80-interacting centrosome-associated protein 1 / Sarcoma antigen NY-SAR-48 homolog


分子量: 41144.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus8, hice1 / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: Q0IHJ3

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HAUS augmin like complex subunit ... , 4種, 4分子 CEFG

#3: タンパク質 HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog / MGC115689 protein


分子量: 41256.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus4.L, haus4, MGC115689 / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: Q4V7I1
#5: タンパク質 HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog, Green fluorescent protein chimera / MGC82377 protein


分子量: 53505.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus2.L, cep27, haus2, MGC82377, GFP / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: Q6INL9, UniProt: P42212
#6: タンパク質 HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog


分子量: 50927.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus6.L / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: A0JPI0
#7: タンパク質 HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog / LOC100158301 protein


分子量: 39379.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus7.S, haus7, LOC100158301, uchl5ip, uip1 / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: B1H1T5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Augmin / タイプ: COMPLEX / 詳細: Peak octameric fraction following gel filtration / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.403 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / 細胞内の位置: cytoplasm / Organelle: mitotic spindle
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: Sf9 / プラスミド: pFASTBAC
緩衝液pH: 7.7
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
110 mMHEPES1
2100 mMKCl1
35 mMEGTA1
42 mMMgCl21
51 mMDTT1
60.05 % (v/v)NP-401
試料濃度: 0.06 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 39903 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10105 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2350

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARCv3.3.2+220824粒子像選択cryoSPARC template picker was used to select particle images based on negative stain classes
2cryoSPARC画像取得
4cryoSPARCv3.3.2+220824CTF補正CryoSparc PatchCTF was used for image correction
7UCSF ChimeraX1.4モデルフィッティングfitmap was used to rigid-body fit model into map
10cryoSPARCv3.3.2+220824初期オイラー角割当
11cryoSPARCv3.3.2+220824最終オイラー角割当
12cryoSPARCv3.3.2+220824分類
13cryoSPARCv3.3.2+220824３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2046060
詳細: Template picks, trained on evenly-spaced templates from ab initio model
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 6.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00125535
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.35334381
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.6179956
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0293872
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0024458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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