+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fcf | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of PLVAP CC1 in I212121 space group | |||||||||||||||
要素 | Plasmalemma vesicle-associated protein | |||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Endothelial cell-specific membrane protein / endothelial fenestrae / microvascular permeability | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular extravasation / 発生生物学 / regulation of vascular permeability / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / カベオラ / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Chang, T.H. / Hsieh, F.L. / Gu, X. / Kavran, J. / Gabelli, S.B. / Nathans, J. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, フランス, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023 タイトル: Structural insights into plasmalemma vesicle-associated protein (PLVAP): Implications for vascular endothelial diaphragms and fenestrae. 著者: Chang, T.H. / Hsieh, F.L. / Gu, X. / Smallwood, P.M. / Kavran, J.M. / Gabelli, S.B. / Nathans, J. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fcf.cif.gz | 139.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8fcf.ent.gz | 113.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fcf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/8fcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/8fcf | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8fbyC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10793.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plvap, Pv1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91VC4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.93 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5.0 and 15% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→39.928 Å / Num. obs: 14322 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 753 / CC1/2: 0.8075 / Rpim(I) all: 0.329 / % possible all: 88 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→39.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU R Cruickshank DPI: 0.341 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.227 / SU Rfree Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.19
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.23 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.41 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.95→39.93 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.11 Å / Total num. of bins used: 7
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|