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Yorodumi- PDB-8fbw: Crystal structure of SIV-1 V2 antibody NCI05 in complex with a V2... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fbw | ||||||
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Title | Crystal structure of SIV-1 V2 antibody NCI05 in complex with a V2 peptide | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / SIV / antibody / NCI05 / V2 / variable loop 2 / SIVmac251 / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||
Function / homology | CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION Function and homology information | ||||||
Biological species | Macaca mulatta (Rhesus monkey) Simian immunodeficiency virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Zhou, T. / Kwong, P.D. / Van Wazer, D.J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2023 Title: Effect of Passive Administration of Monoclonal Antibodies Recognizing Simian Immunodeficiency Virus (SIV) V2 in CH59-Like Coil/Helical or beta-Sheet Conformations on Time of SIV mac251 Acquisition. Authors: Stamos, J.D. / Rahman, M.A. / Gorini, G. / Silva de Castro, I. / Becerra-Flores, M. / Van Wazer, D.J. / N'Guessan, K.F. / Clark, N.M. / Bissa, M. / Gutowska, A. / Mason, R.D. / Kim, J. / ...Authors: Stamos, J.D. / Rahman, M.A. / Gorini, G. / Silva de Castro, I. / Becerra-Flores, M. / Van Wazer, D.J. / N'Guessan, K.F. / Clark, N.M. / Bissa, M. / Gutowska, A. / Mason, R.D. / Kim, J. / Rao, M. / Roederer, M. / Paquin-Proulx, D. / Evans, D.T. / Cicala, C. / Arthos, J. / Kwong, P.D. / Zhou, T. / Cardozo, T. / Franchini, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8fbw.cif.gz | 369.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8fbw.ent.gz | 303 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8fbw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/8fbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/8fbw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein/peptide , 1 types, 2 molecules EF
#3: Protein/peptide | Mass: 2179.387 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Simian immunodeficiency virus |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules CADB
#1: Antibody | Mass: 24758.480 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 22696.920 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Sugars , 2 types, 2 molecules
#4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#5: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 4 types, 268 molecules
#6: Chemical | ChemComp-CIT / | ||
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#7: Chemical | ChemComp-PEG / | ||
#8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.2 Details: 0.2 M sodium chloride, 28.5% PEG8000, 0.1 M phosphate/citrate, pH 4.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen stream / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 16, 2022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→50 Å / Num. obs: 46240 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 0.035 / Net I/σ(I): 24.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35→48.91 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→48.91 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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