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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fak | ||||||
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タイトル | DNA replication fork binding triggers structural changes in the PriA DNA helicase that regulate the PriA-PriB replication restart pathway in E. coli | ||||||
要素 |
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キーワード | HELICASE/DNA / PriA (プエルトリコ) / PriB / replication restart / E. coli (大腸菌) / HELICASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pre-primosome complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / plasmid maintenance / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA replication initiation ...pre-primosome complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / plasmid maintenance / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA replication initiation / helicase activity / response to gamma radiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to radiation / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA複製 / hydrolase activity / response to antibiotic / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å | ||||||
データ登録者 | Duckworth, A.T. / Ducos, P.L. / McMillan, S.D. / Satyshur, K.A. / Blumenthal, K.H. / Deorio, H.R. / Larson, J.A. / Sandler, S.J. / Grant, T. / Keck, J.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Replication fork binding triggers structural changes in the PriA helicase that govern DNA replication restart in E. coli. 著者: Alexander T Duckworth / Peter L Ducos / Sarah D McMillan / Kenneth A Satyshur / Katelien H Blumenthal / Haley R Deorio / Joseph A Larson / Steven J Sandler / Timothy Grant / James L Keck / 要旨: Bacterial replisomes often dissociate from replication forks before chromosomal replication is complete. To avoid the lethal consequences of such situations, bacteria have evolved replication restart ...Bacterial replisomes often dissociate from replication forks before chromosomal replication is complete. To avoid the lethal consequences of such situations, bacteria have evolved replication restart pathways that reload replisomes onto prematurely terminated replication forks. To understand how the primary replication restart pathway in E. coli (PriA-PriB) selectively acts on replication forks, we determined the cryogenic-electron microscopy structure of a PriA/PriB/replication fork complex. Replication fork specificity arises from extensive PriA interactions with each arm of the branched DNA. These interactions reshape the PriA protein to create a pore encircling single-stranded lagging-strand DNA while also exposing a surface of PriA onto which PriB docks. Together with supporting biochemical and genetic studies, the structure reveals a switch-like mechanism for replication restart initiation in which restructuring of PriA directly couples replication fork recognition to PriA/PriB complex formation to ensure robust and high-fidelity replication re-initiation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fak.cif.gz | 347.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fak.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8fak.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8fak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8fak | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 28959MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 3分子 ABH
#1: タンパク質 | 分子量: 11459.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: priB, b4201, JW4159 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07013 #3: タンパク質 | | 分子量: 81765.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: priA, b3935, JW3906 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P17888, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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-DNA鎖 , 3種, 3分子 GJZ
#2: DNA鎖 | 分子量: 12206.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 12399.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#5: DNA鎖 | 分子量: 4567.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 1種, 2分子
#6: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of PriA, PriB, and replication fork / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.134 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | |||||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | |||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm | |||||||||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER | |||||||||||||||||||||
撮影 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.4/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Linux / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Processing was performed in the same way for K3 and Falcon 3 data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1500000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 190000 / 詳細: Highest resolution used in refinement was 4.4A / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |