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- PDB-8f8z: PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with H3 Histone N-Terminal Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f8z
タイトルPHF2 (PHD+JMJ) in Complex with H3 Histone N-Terminal Peptide
要素
  • H3 N-Terminal Peptide
  • Lysine-specific demethylase PHF2
キーワードOXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE / Methyl-lysine binding / aromatic cage / plant homeodomain (PHD) / Jumonji domain / plant homeodomain finger 2 (PHF2) / histone H3 lysine 4 tri-methylation (H3K4me3) / OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K20 demethylase activity / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / protein demethylation / histone H3K9 demethylase activity / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / methylated histone binding / liver development / transcription coregulator activity / HDMs demethylate histones ...histone H4K20 demethylase activity / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / protein demethylation / histone H3K9 demethylase activity / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / methylated histone binding / liver development / transcription coregulator activity / HDMs demethylate histones / 動原体 / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / transcription coactivator activity / iron ion binding / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. ...Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Histone H3 signature 1. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3/CENP-A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine-specific demethylase PHF2 / Gene for histone H3 (germline gene)
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134744 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160029 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: A complete methyl-lysine binding aromatic cage constructed by two domains of PHF2.
著者: Horton, J.R. / Zhou, J. / Chen, Q. / Zhang, X. / Bedford, M.T. / Cheng, X.
履歴
登録2022年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase PHF2
B: Lysine-specific demethylase PHF2
E: H3 N-Terminal Peptide
F: H3 N-Terminal Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,04428
ポリマ－108,9294
非ポリマー2,11524
水86548
1
A: Lysine-specific demethylase PHF2
E: H3 N-Terminal Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,36412
ポリマ－54,4642
非ポリマー89910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area20220 Å2
手法PISA
2
B: Lysine-specific demethylase PHF2
F: H3 N-Terminal Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,68016
ポリマ－54,4642
非ポリマー1,21614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.854, 83.756, 104.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase PHF2 / GRC5 / PHD finger protein 2


分子量: 51832.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF2, CENP-35, KIAA0662 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold Plus
参照: UniProt: O75151, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75151, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド H3 N-Terminal Peptide / Gene for histone H3 (germline gene)


分子量: 2632.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9H1G0

-
非ポリマー , 4種, 72分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.18 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 2.5M Ammonium Sulfate 90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3 4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→54.5 Å / Num. obs: 36233 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 66.17 Å2 / CC1/2: 0.929 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3642 / CC1/2: 0.434 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SERGUIデータ収集
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→54.5 Å / SU ML: 0.4838 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6858
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 1809 5.02 %
Rwork0.2133 34237 -
obs0.2154 36046 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→54.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6711 0 102 48 6861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42159502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03931041
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.76672407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.390.37161420.31282633X-RAY DIFFRACTION97.78
3.39-3.490.34581430.30012654X-RAY DIFFRACTION98.69
3.49-3.60.35171380.28652636X-RAY DIFFRACTION99.11
3.6-3.730.29171340.26072636X-RAY DIFFRACTION98.96
3.73-3.880.29861380.24152627X-RAY DIFFRACTION99.21
3.88-4.060.27431360.22482613X-RAY DIFFRACTION98.78
4.06-4.270.22421400.21282629X-RAY DIFFRACTION98.75
4.27-4.540.19631370.18182582X-RAY DIFFRACTION97.04
4.54-4.890.22861370.16912659X-RAY DIFFRACTION99.11
4.89-5.380.25611420.19122655X-RAY DIFFRACTION99.79
5.38-6.160.22941440.20532673X-RAY DIFFRACTION99.79
6.16-7.750.24181390.19932617X-RAY DIFFRACTION99.1
7.76-54.50.20751390.15972623X-RAY DIFFRACTION97.98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.04782789627-2.21927395287-2.412611500842.779245129091.895883512646.59229636419-0.0541623793975-0.1945056300880.2929822878320.3166078661720.269707254987-0.683235065780.2083720865760.390467094688-0.2073080937130.4446973951830.0277873053872-0.00955221511860.400104102089-0.07456085023540.56609430754132.892683766217.5195593881-27.6734231838
26.602065729080.715650837947-1.689638518865.03499498306-4.656799306169.14509314079-0.137357448465-0.0444774935353-0.0256705202874-0.4125420536710.426690974769-0.07233472688471.193877322520.492689439407-0.3403774242320.5766688137250.1627996540910.03852728416840.542581779641-0.1293624280690.44347580921728.02295739940.886958098136-65.1383448926
31.539357302570.4578324224020.361848982780.628197375199-0.0598896732268.80083992466-0.0761881242168-0.1836048711090.0926215538988-0.09162509854470.143291867043-0.116052122682-0.456059769793-0.040834283145-0.08178441958580.364021513415-0.0139469171098-0.006737758506440.278355377918-0.02571498115850.53501598324919.498114285514.095446051-49.9283688878
43.070876631971.561317661960.6552788183370.9338260052770.7817822905161.905410586420.110709529683-0.0193013456167-0.1923272395170.147944996737-0.0906013321328-0.04277855094380.215552615393-0.122613691316-0.04009740442220.4660795791920.00704870964663-0.02161743264950.303953184815-0.03229409210090.44257141818619.8548303932-0.547742159836-57.8115221019
56.956823372324.45590305926-0.06272238781516.50294140565-0.2831713264360.872641757680.0587847852406-0.08755723777020.3334935789940.737609358243-0.08615005391920.4647265649840.57478856771-0.1604971437990.07771283276410.520770301571-0.0613560318691-0.002183022237180.381125566318-0.06401257273690.4878125609316.873762801764.64708851927-64.441619747
68.376985325040.264294609526-2.230522548678.164421147-2.001556822969.3369654604-0.07325203455780.6585376881090.33590069506-0.629837598037-0.217765881948-0.1791840796850.0427523404805-0.08749680370520.2719369815860.4354832300920.09506882074-0.06832470455050.6034906809950.07353669193350.4143411184611.9854130963914.2859101084-77.5193244334
71.367120395660.179706261741.019460585150.6907797420360.8033950265783.535867110280.04502931193830.11608963906-0.1013036984760.0880610828315-0.02026216548270.1807883665670.270293429164-0.311838951829-0.03121030357120.382535024489-0.04552026973690.02249415190440.3796941071680.01038807646220.47033181988559.74389051915.6402580397-35.5036497769
83.57663725987-2.074399191290.9343414880233.63278789923-1.213496102692.42159734738-0.0821511699948-0.346153836654-0.1393773288790.16734435380.116054253087-0.06839681804260.210636472599-0.138588181152-0.03886109663150.402298278377-0.001022845375130.008963445854610.4112013584050.08145210801050.37555688543767.352099834411.3039325849-17.9424999788
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104.99630866757-6.60057275777-0.3043443815899.42287877408-2.039029094098.481462763281.30290309557-0.557284387959-0.795932769532-0.635932539889-0.0508211986259-0.2336385966231.136328973940.630128405433-1.205088063630.45745041239-0.0201450939087-0.1022784358270.705348045945-0.1046337355880.66067590258531.040757129511.0407613858-32.4380797774
113.875698387862.92045714817-2.864567032222.18369694012-2.034254693392.287280603250.26743940079-0.632558056375-1.869588639230.234222453271-0.636049944457-0.07069820033841.16601330401-1.056883673510.5140155406990.686600807072-0.2724491927920.04389161671710.632837102848-0.05768660630150.80784129768253.30685944826.95124995911-45.5627517085
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 86 )AA0 - 861 - 67
22chain 'A' and (resid 87 through 126 )AA87 - 12668 - 107
33chain 'A' and (resid 127 through 246 )AA127 - 246108 - 227
44chain 'A' and (resid 247 through 338 )AA247 - 338228 - 319
55chain 'A' and (resid 339 through 365 )AA339 - 365320 - 346
66chain 'A' and (resid 366 through 444 )AA366 - 444347 - 425
77chain 'B' and (resid 0 through 246 )BL0 - 2461 - 230
88chain 'B' and (resid 247 through 365 )BL247 - 365231 - 349
99chain 'B' and (resid 366 through 449 )BL366 - 449350 - 433
1010chain 'E' and (resid 1 through 7 )EZ1 - 71 - 7
1111chain 'F' and (resid 1 through 8 )FAA1 - 81 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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