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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f3a | ||||||
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タイトル | HIV-1 gp41 coiled-coil pocket IQN17 | ||||||
要素 | IQN17 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HIV-1 / gp41 / coiled-coil (コイルドコイル) / pocket | ||||||
機能・相同性 | 酢酸 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Bruun, T.U.J. / Tang, S. / Fernandez, D. / Kim, P.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: Structure-guided stabilization improves the ability of the HIV-1 gp41 hydrophobic pocket to elicit neutralizing antibodies. 著者: Bruun, T.U.J. / Tang, S. / Erwin, G. / Deis, L. / Fernandez, D. / Kim, P.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f3a.cif.gz | 103.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f3a.ent.gz | 81.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f3a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8f3bC 2q7cS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5440.537 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M imidazole (pH 8.0) and 35 % 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→16.44 Å / Num. obs: 46268 / % possible obs: 98.83 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 25.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.381 / Num. unique obs: 4269 / CC1/2: 0.993 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2Q7C 解像度: 1.2→16.44 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→16.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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