+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8f1w | ||||||
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Title | EGFR(T790M/V948R) kinase in complex with poziotinib | ||||||
Components | Epidermal growth factor receptor | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / EGFR / kinase / inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C activity / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity ...response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C activity / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / response to UV-A / epidermal growth factor binding / PLCG1 events in ERBB2 signaling / tongue development / midgut development / ERBB2-EGFR signaling pathway / hydrogen peroxide metabolic process / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / regulation of nitric-oxide synthase activity / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / morphogenesis of an epithelial fold / intracellular vesicle / Signaling by EGFR / response to cobalamin / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / protein tyrosine kinase activator activity / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Signaling by ERBB4 / eyelid development in camera-type eye / protein insertion into membrane / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / regulation of JNK cascade / : / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of mitotic cell cycle / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / GAB1 signalosome / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to cadmium ion / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / positive regulation of DNA repair / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / GRB2 events in ERBB2 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / neurogenesis / SHC1 events in ERBB2 signaling / cellular response to dexamethasone stimulus / ossification / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / basal plasma membrane / neuron projection morphogenesis / positive regulation of superoxide anion generation / epithelial cell proliferation / positive regulation of DNA replication / Signal transduction by L1 / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of epithelial cell proliferation / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / liver regeneration / astrocyte activation / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of protein localization to plasma membrane / EGFR downregulation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / lung development / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Constitutive Signaling by EGFRvIII / positive regulation of MAP kinase activity / Signaling by ERBB2 ECD mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 KD Mutants / negative regulation of protein catabolic process / receptor protein-tyrosine kinase / cell-cell adhesion / Downregulation of ERBB2 signaling / ruffle membrane / cellular response to reactive oxygen species Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Beyett, T.S. / Eck, M.J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To be published Title: EGFR(T790M/V948R) kinase in complex with poziotinib Authors: Beyett, T.S. / Eck, M.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8f1w.cif.gz | 491.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8f1w.ent.gz | 406.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8f1w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/8f1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/8f1w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6dukS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37724.598 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: kinase domain / Mutation: T790M, V948R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1 / Cell line (production host): Sf9 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase #2: Chemical | ChemComp-R2E / Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.7 / Details: 0.1 M Bis-Tris pH 5.7, 25-30% (w/v) PEG 3350 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9791 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 23, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→102.53 Å / Num. obs: 19840 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3 % / CC1/2: 0.959 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Rpim(I) all: 0.145 / Rrim(I) all: 0.261 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 60222 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.25 Å / % possible obs: 96.8 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Num. measured all: 2968 / Num. unique obs: 969 / CC1/2: 0.855 / Rpim(I) all: 0.386 / Rrim(I) all: 0.693 / Net I/σ(I) obs: 0.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6DUK Resolution: 3.2→85.32 Å / SU ML: 0.54 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 29.27 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→85.32 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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